床下から500万ドルを発見！ しかし狡猾なティーバッグはマイケルたちを騙し、金を持ち逃げする！

折り鶴の暗号が意味する待ち合わせ場所とは？ 一方、マイケルはマホーンに取引を持ちかける。

リンカーン親子を救い出した謎の集団の正体とは？ マイケルとサラにマホーンの追っ手が迫る！

次々に迫り来る危機に息子の身を案じたリンカーン。彼はついにLJを組織に預けることを決意する。

父アルドとの再会に激しい拒否反応を示すマイケル。しかしそこへマホーン捜査官が登場する！

マホーンの真の狙いはもはや兄弟を殺害すること。彼は驚異的な頭脳で兄弟を追い詰めていく。

マホーンに騙しうちにされたマイケルとリンカーンだったが、ケラーマンの寝返りで間一髪、命拾いする。州警察の追跡を振り切った3人はモンタナの山荘へ。そこにはリンカーンの無罪を証明できる唯一の生証人、ステッドマンが軟禁されているのだ。ステッドマン生存を証明すれば容疑は晴れる、と考えたマイケルはマスコミを利用しようとするが…。

絶体絶命のマイケルたちをまたもケラーマンが救う！ 秘密のメッセージはサラに届くのか？

サラ、ケラーマンとシカゴへ向かう兄弟。そこでサラが父から託された鍵の謎が解けるはずだが？

シガークラブの会員にポープ元所長がいることを知ったマイケル。捨て身の覚悟で協力を求めるが？

ロッカーに入っていた録音データの衝撃の内容とは？ 3人はそれを世間に公表しようと奔走する。

録音されたデータを何としても公表させたくない大統領。彼はついにマイケルとの取引に応じるが…。

大統領の突然の辞任。リンカーンの無実を晴らす道を失ったマイケルは、ついに亡命を決意する。

パナマに行ってもなおFBIの執拗な攻撃は続く！ 一方、サラは裁判で有罪がほぼ確定するが…。

すべてを投げ打ってパナマまで兄弟を追ってきたマホーン。マイケルvsマホーンの闘いの結末は!?

脱獄の条件はウィスラーと一緒に逃げること。マイケルとSONAの囚人が探しているウィスラーとは？

サラとLJを救うためには、脱獄するしか道はない。そう悟ったリンカーンはマイケルを説得する。

SONAの周囲のフェンスには電流は流れていなかった。それに気づいたマイケルはある計画を実行する。

脱獄準備のために監視塔を観察し始めたマイケル。しかし不審な行動によって房が封鎖されてしまう。

大胆にも真昼の脱獄プランを立てたマイケル。しかし直前になってウィスラーがルチェロに連行される。

再びの脱獄計画を実行に移したマイケルとウィスラー。しかし運悪く太陽が雲に隠れたせいで失敗に…。

スーザンは急遽ウィスラーの単独救出作戦を決定。しかし裏切りの動きを察知したマイケルは…？

司令官から拷問を受けたマイケル。ついに組織に甥を人質に取られていることを告白してしまう。

新ボスのサミーが「マイケルの命と引き換えにラム1箱を渡す」と宣言。囚人たちは沸き立つが？

大雨により脱出用トンネルが陥没寸前に。マイケルは脱出の予定を早め、急ピッチで作業を進める。

敷地内を停電させ、脱走を試みたルチェロたち。再度の脱獄事件発生に監視員たちは大騒ぎする。

SONAから脱獄したマイケルは、LJ奪還のため最後の駆引きに挑む。激動のシーズンフィナーレ！

サラは生きていた！ マイケルたちは組織壊滅のカギとなる“スキュラ”の解読に挑むことになる。

6枚のカードから構成されるスキュラ。マイケルたちは暗号を解読し番人全員の密会を突き止める。

番人はトルコ領事の妻だった。マイケルたちは彼女が出席すると聞き、追悼式典に潜入するが…。