普通の中学2年生・鹿目まどかに、運命を変えてしまうような不思議な出会いが訪れる。
ほむらに襲われたキュゥべえを助ける途中、まどかたちは摩訶不思議な空間に迷いこむ。
さやかとまどかは、恭介が入院する病院の駐輪場で孵化しかけたグリーフシードを発見する。
魔法少女の敗北の結果を目の当たりにしたまどかとさやかは、魔法少女になることを諦める。
まどかは、さやかよりも先に魔法少女になる決意をするも、諦めてしまった自分に悩むのだった。
杏子との平和的な解決を提案するまどかと、闘う覚悟を決めたさやか。二人の意見は擦れ違ってしまう。
自宅でふさぎこむさやかの元に現れたのは、敵対していたはずの杏子だった。彼女の真意とは。
きれいごとばかりに感じるまどかの言葉に、さやかは感情を爆発させ、その場を立ち去ってしまう。
泣き崩れるまどかに、ほむらは冷淡な口調でソウルジェムの最後の秘密を語る。
とある少女の転校風景。おどおどしている少女を助けてくれたのは、保健委員を名乗る少女だった。
悲しみに暮れるまどかの元に現れたキュゥべえは、自分たちと人類が歩んできた歴史を語るのだった。
魔法少女となる者の運命を全て知ったまどかは、果たして何を願い、どんな決断を下すのか?