鉄郎が地球へと帰還してから1年後。新政府のもとで地球は平和を保っているかのように見えた。しかし、地下世界では平和の下敷きになっている人々が暮らし、未来のない生活を送っていた。その最中、鉄郎は支配省の総督ポルカザンダ三世によって処刑されようとしていた。間一髪! 銀河鉄道999に救われた鉄郎は、再び旅立つ。
「止まることのない時間という名のレールを走る。これが私と鉄郎の運命…」。広大な宇宙空間を走り続ける1台の列車。勇敢な少年・星野鉄郎、一緒に旅をする謎の美女メーテル、銀河鉄道999に乗る心優しき車掌、宇宙海賊キャプテン・ハーロックをはじめおなじみのキャラクターたちが新たな構想と壮大なスケールで甦る。
1998年/日本/55分
監督:宇田鋼之介 脚本:武上純希 原作:松本零士
声のキャスト:野沢雅子、池田昌子、肝付兼太、榊原良子、戸田恵子