認知研の作成したジアース・プログラムに引き寄せられ敵ロボットが出現することがわかり、国防軍はそれを利用し関東圏内で無人兵器による一斉空爆を行い、ジアースともども敵を殲滅する作戦を実行する。それは同時に、住民の避難もままならないまま空爆を始めるという非人道的なものでもあった。一方でジアースのコックピット内では、ウシロの思わぬ反抗にキレたコエムシが、無理矢理にカナを契約させようとしていた。そんなコエムシを、実の妹であるマチが拳銃で撃ち抜く。弾がなくなるまで撃ち込まれたコエムシは息絶え、ジアースには管理者が不在となる。マチは自身の長い戦いに決着を着けるためにも、自らの意志でパイロットとなるのだった。