フットボールフロンティア全国大会を制して、ついに日本一の栄冠をつかんだ雷門中イレブンは、それぞれに喜びをかみしめていた。チームで喜びを分かち合う円堂たち、かつての仲間に優勝の報告に行く土門と一之瀬 、病床の妹を訪れる豪炎寺……。しかし、バスで雷門中へと戻るイレブンの目の前で、突然、校舎が爆破されてしまう。命からがら逃げ出してきた校長によると、宇宙人が攻めてきたのだという。イナズマイレブンのOBたちが倒され、瓦礫の上には、異様な風貌の少年たちが立っていた。彼らの名はエイリア学園のジェミニストーム、遠い星「エイリア」から地球にやってきた『星の使徒』であり、サッカーで彼らを倒さなければ、人類は地球上で暮らせなくなる、と告げる――。