富士山麓にたどりついた雷門中イレブンの目の前に、巨大な基地が現れる。そしてそこで待っていたのは意外な人物――響木監督だった。彼は、エイリア学園の黒幕の正体は瞳子監督だと告げる。驚く雷門中イレブン。全ての答えはこの中にあると、瞳子監督は彼ら基地の中へといざなう。そして、ここは吉良財閥の総帥で自分の父親、吉良星二郎の作った兵器研究施設であり、世界支配をもくろんでいるのだと語る。襲いかかってくる警備ロボを倒して進んだ先で、雷門中イレブンはさらに驚くべき事実を知らされる。なんと、エイリア学園の選手たちは宇宙人ではなく、エイリア石によって身体能力を強化されたハイソルジャーだったのだ……。