ジェネシスとの戦いを終え、雷門中へと戻った円堂たちの前に、吉良星二郎とともに富士山の研究所にいた研崎が姿を現す。最後の戦いが残っているという彼の後ろには、フードをかぶった11人――風丸や染岡、かつての仲間たちの姿があった。その名はダークエンペラーズ。エイリア石を自分のものにするべく研究所を破壊した研崎が作りあげた、究極のハイソルジャーたちだという。胸にエイリア石のペンダントを下げた風丸たちは、石の与えてくれる力に酔いしれていた。そんな彼らとは試合なんてできないという雷門中イレブンだったが、彼らを元に戻すためには、サッカーで語り合い、想いを伝えるしかないと決意する。そして試合開始。信じられない力を発揮する風丸たちに、雷門中イレブンは……。