別れの時を前に、鉄塔広場でエイリア学園との戦いに想いを馳せる円堂と吹雪。ふたりのもとに現れた豪炎寺は、雷門イレブンと、ともに戦いたくても戦えなかった辛さを語る。妹を人質に取られ、エイリア学園への引き抜きを迫られながら戦ったジェミニストーム戦。豪炎寺を外すという瞳子監督の判断に納得できない雷門イレブンは、豪炎寺が帰ってきたとき、胸を張って迎えられるくらい強くなっていようと決意する。同じく豪炎寺も、再会の時にはより強い自分でいたいと強く願っていた。そんな想いを抱き、吹雪たち新た仲間とともに戦いを続ける雷門イレブン。そしてついに豪炎寺がチームに復帰、さらなる進化を遂げた雷門イレブンは、エイリア学園との最後の戦いへと突き進んでいく……。