インデックスとの出会いに始まった上条の長い夏休みは、どうにか終わりを告げた。そして始まる新学期。上条のクラスには、小萌先生の家に居候していた姫神秋沙が転入生として現れる。一方、留守番を任されていたインデックスは、自分の昼ごはんが用意されていないという重大な事実に気づき、上条の教室へとたどり着くが、小萌先生に追い出されてしまう。導かれるように食堂に迷い込むが、購入方法がわからずインデックスは途方にくれるのだった。そこにふらりと現れた少女――風斬氷華の助力により、なんとか食事を採ることに成功したインデックスは、それをきっかけとして風斬と「ともだち」になり親交を深めていく。……そんな平和な学園都市に、魔術師の侵入が確認された。