夏休みも終わりに近づいた頃。美琴との疑似デートに連れ回されたり、そのついでにアステカの魔術師と戦うハメになったりと、上条の日常は相変わらずにぎやかで忙しかった。当然、山積していた夏休みの課題はまったく手つかず。学生寮の彼の部屋ではインデックスが『超機動少女カナミン』を垂れ流し、スフィンクスがぐったりしている。まったく先の見えない状況のなか、上条の孤独な戦いは続いていた。
上条が夏休みの宿題に追われていた頃。学園都市近くの海中から、テトラポッドの上に上陸する者たちの姿があった。金属鎧で全身を包んだ彼ら――イギリス清教の騎士たちの背後で、突然響く鍔鳴りの音。振り返る彼らの目の前に、七天七刀を手にした『聖人』神裂火織が立ちふさがり……。