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パブリチェンコ博士研究所をめぐり、さまざまな諜報機関の契約者がスオウたち家族に襲いかかった。父を殺され、たった一人逃げのびたスオウだったが、ME(記憶操作機)によってクラスメイトたちの記憶は消されて、孤独に逃げ惑う。しかし、ニカに励まされたスオウは、シオンと流星核を奪うため研究所にやってきたヘイ(黒)をおびき出す決意をする。そしてニカも、行方不明になった恋人ターニャを探しはじめるが…。