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可変周波数を試していたラチェットが、偶然ディセプティコンの戦艦ネメシスの正確な位置情報とオートボットの緊急信号を捕える。同胞の救出が優先事項だと判断したオプティマスは、救急用具を持たせたラチェットとともに、ゴビ砂漠に墜落したオートボットの宇宙船を発見する。中には、かつてディセプティコンで大流行した死のウイルスに感染して死んだオートボットの死体が多数残されていた。オプティマスはそこでウイルスに感染してしまう。ウイルスはメガトロンが細菌兵器として開発したものだった。治療法を探るため、アーシーとバンブルビーはネメシスに侵入するが、データベースには求める情報が見つからない。バンブルビーは治療法を探すため、ラチェットの指示を受けながら、脳内侵入プログラムでメガトロンの脳内に侵入する。バンブルビーはメガトロンの潜在意識から治療薬の情報を引き出すことに成功し、オプティマスは一命を取り留める。バンブルビーの活躍をたたえる仲間たち。しかし彼の中には、メガトロンの意識が入り込んでいた…。