西暦2000年。時速500キロで走る弾丸列車“イナズマ号”の開通式。ビリー・キムラとペニー・カーター、そしてロッタの三人は、目の前でイナズマ号が虹色に輝く光に包まれて消えてしまう事件に遭遇する。事件を追うビリーとペニー。調べて見ると、同じような蒸発事件が世界各地で続発していた。そして、またしても事件が起きる。数週間前に蒸発した潜水艦が、砂漠の真ん中に現れたという。現場に到着するビリーとペニー。そこへ、謎の少女が現れ、不思議な言葉を残して消える。「千年期の終わり…。インファーベルの支配が始まる」二人は、真相を確かめようと、事件の謎を追って空軍を追われたクレイトンと共に最新鋭旅客機“コメット号”に乗り込む。高度3万フイートの上空で、コメット号は近づく虹色の光と遭遇し、ついに虹色の光の正体が明らかになった。それは奇妙な形をした円盤だった…。 ※第2話では「怪円盤襲来! スカイナイト発進せよ!」の後編をお送り致します。