半蔵学院vs蛇女子学園。天守閣のそこかしこで繰り広げられる戦いは激しさをます。そんななか、「蛇女子学園の生徒たちは戦いに敗れると死ぬ――」雲雀の声を感じとった飛鳥たちは、真の敵は最上階にいるオーナー道元だということを知る。戦いをやめ、道元の元へと向かおうとする飛鳥を、忍の運命として軛の術を受け入れている焔たちは阻止しようとするが、何かに導かれるように、いつしか最上階での戦いとなる。その頃、道元の手元にある陰と陽の超秘伝忍法書からは、オーラを放ち輝きをましていた。道元は、忍法書に選ばれし者の力を拠り代として、超秘伝忍法書の力をいままさに手中に収めようとしていた――。