大海に佇む孤島・竜宮島。本土と隔絶されたこの島で、真壁一騎や皆城総士たちは長年、平和な日々を過ごしてきた。“あなたはそこにいますか?”ある日、どこまでも蒼い空の果てから届けられたメッセージ。そして美しくも禍々しいシリコン型生命体・フェストムの襲来。偽装された日常は閃光と硝煙の中に燃え落ち、果てることない戦火の現実が姿を現す。「我々には“巨人”を醒ますしか、生き残る術はないのか……」町を、逃げ遅れた人々を蹂躙し、島の中枢部に迫っていくスフィンクス型と呼ばれるフェストムに対し、司令官・皆城公蔵は、長年隠し続けてきた、竜宮島の切り札の使用を決意。そして遠見真矢たちクラスメイトと共にシェルターに退避していた一騎は、総士に連れ出された地下格納庫で巨大な人型メカと出会う。「ファフナーだ……これで僕たちを守って欲しい」唐突な総士の言葉に、躊躇する一騎。少年たちの知らぬところで流れ続けていた運命の奔流が、今まさに彼らを飲み込もうとしていた……!