帰還した一騎とマークザインによってフェストゥムは撃退され、アルヴィスのコントロールも史彦たちの手に戻った。不器用ながらも一騎に自分の在りのままを伝えようとする総士、島の外で世界の現実を胸に刻んだ真矢、そして残された時間を人間らしく生きることを選んだ乙姫。一方、カノンたちと潜水艦一隻を殿にして島から撤退を始める新国連軍。しかし、竜宮島を人類にとって危険な存在と判断したバーンズ大佐は、残った潜水艦のフェンリルの時限装置を作動させていた。狩谷に大佐の目論見を教えられた道生は、メガセリオンを駆り島へと急ぐ。その頃、溝口が潜水艦の起爆装置を止めようとしていたが、大佐の命令を死守しようとするカノンのベイバロンによって阻止されてしまう。カノンもろともベイバロンを倒すべきだという総士だが、対話に解決の糸口を見出そうとする一騎。だが、アルヴィスを完全に消滅させんとするバーンズ大佐は、島に向けて戦略核ミサイルまでを放った。