咲良が倒れた原因は、遺伝子に埋め込まれたフェストゥムの因子の同化現象が進行による肉体の結晶化だった。変わり果てた咲良の姿に唖然とする剣司、慟哭する澄美。そして衛は、剣司と咲良と三人で再び過ごせる日のために、戦い抜くことを決意する。咲良の異変、島の昆虫や植物を襲った突然の死……それらは、フェストゥムの意識中枢であるミールが、人間特有の概念である、生死への悲しみを理解しつつあるため起こった現象だった。そして、フェストゥムに来襲を即し、戦闘を通じてそれを伝えようとしていたのは乙姫だったのだ。ファフナーにジークフリードシステムを搭載し、自らも前線に赴こうと考える総士。人類とフェストゥムが進むべき未来を決める時が近づいているのを、乙姫も、総士も感じていた。そんななか、単体で竜宮島に接近する新型種のフェストゥムがあった。