お姉様から、何か言ってくださるまでは、じっと待つ。そう決意しながらも、連日の美琴不在に不安を募らせる黒子。そんな彼女のもとに、意外な人物――お姉様にちょっかいをかけていた上条が現れた。黒子は、わずかでも美琴の手掛かりを得ようと、自分の部屋に招き入れる。しかしそこに寮監が見回りにやってきてしまい、上条をベッドの下へと追し込める。ベッドの下で息を殺す上条だったが、そこである資料――自分が出会った御坂妹が参加している『実験』の裏側に隠された真実を見つける。美琴の孤独な戦いを知った上条は、夜の学園都市を走りだす。一方、美琴は、自らが為すべき最後の選択肢にたどり着いていた――。