学園都市では能力のレベルのみで価値を判断する。そして能力の開発は、先天的資質に負うところが大きい。ならば、現行の方式とは異なる方法で能力者をゼロから作り出すことができれば――。罠にはめられた美琴と布束に向けて、有冨の口から語られる『ケミカロイド計画』の全貌。彼ら『スタディ』は学究会当日に大規模公開実験を行い、学園都市に革命を起こすという。薬で体の自由を奪われた美琴は、自分の過去がもたらした事件をひとりで背負おうとする布束に、以前の自分の姿を重ねる。そんなふたりの前に、信頼する仲間たちが助けに現れ――!