長道、イザナ、纈が基底湖へ観光に訪れる。纈の真の目的は、第四次奇居子防衛戦ののちに処刑された科学者・落合が残した研究施設の探検だった。しかし、意図せず最厳重警備隔離施設に近づいてしまったため、3人は警備員に眠らされてしまう。長道が目覚めると、待っていたのはユレ博士と小林艦長だった。長道は、ここで胞衣(エナ)と人間の融合個体が作られていたこと、融合個体の本体から人工カビの製造に成功したこと、そして人工カビを用いた新兵器が開発されていることを明かされる。後日、シドニアを出発した非武装主義者の先発隊に新たな奇居子が進路を向ける。長道は新兵器を身につけた継衛で救出に向かうのだった。