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トラッドランド軍から、5年前に開発されすでに破棄されていたコンピュータプログラムのメモリーBOXを回収するよう依頼されたナタリア隊長。その危険な作業をトレインヒーローたちに託すが、その作業中にアンがウイルスに感染してしまう。やがてそれはトレインベース全体に広がってしまう。その時フライからワクチンを持っているとの情報が届く。アールたちは、フライの元へワクチンを取りに向うが、すでにトレインベースは地球救助隊によって全面包囲されていた。