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突如として現れ世界のすべてを喰らいはじめた謎の生物、アラガミ。すべてのアラガミを倒す決意を胸に、一人の少年がフェンリル極東支部へやってきた。少年の名は空木レンカ。レンカは教官・雨宮ツバキの下、同期の藤木コウタとともに、新人ゴッドイーターとしてさっそく厳しい訓練を課せられる。はやく実戦に参加したいと気持ちが募るレンカ。そんな時、アラガミが極東支部へと侵入してきた。思わぬ攻撃に作戦室の緊張が高まる中、事態を知ったレンカは決意を固める。