ソウカイヤから追っ手を差し向けられ逃亡の日々を送るヤモト・コキは、流れ着いた教会の中で「ジェノサイド」と名乗る恐ろしいニンジャに出会う。聞くと、彼はここに来るまでの記憶がほとんどないという。実は彼は、ラオモトの下で働くマッドサイエンティスト「リー先生」に作られたゾンビーニンジャであり、自我に目覚め、リー先生のラボから逃亡したのだった。教会で束の間の休息を取るヤモトとジェノサイドのもとへ、リー先生の助手フブキ・ナハタが作った最新バイオニンジャ「マンティコア」が、さらにヤモトを追うソウカイヤの刺客「グレネディア」、ふたりの刺客が送りこまれた! ナムアミダブツ! 共闘を決めたヤモトとジェノサイドの運命やいかに!?