力尽き倒れ、アガタの部屋で目を覚ましたフジキドは、TVに流れるニュースでラオモト・カンの知事選電撃立候補を知る。今夜のうちに決着をつけねば、ソウカイ・シンジケートが持つマネーとニンジャの力でラオモトはネオサイタマ知事となり、暗黒と暴力の時代が幕を開けるだろう……! 最早一刻の猶予もなし。ラオモト・カンを暗殺すべく、そして戦友ナンシー・リーを救い出すべく、放たれた鮮血の矢の如く、ニンジャスレイヤーは敵の本拠地トコロザワ・ピラーへと突き進む! 待ち受けるヤクザ! ニンジャ! オムラ社のモーター兵器! カラテが爆発する!