ラオモト・カンの強大な力の前に倒れるニンジャスレイヤー。その時、彼のニューロンに宿るナラク・ニンジャがついに肉体を完全支配し、暗黒カラテの力でラ オモトに対抗する! 邪悪なるニンジャソウルに呑まれ、異形の怪物へと変わり果ててしまったニンジャスレイヤー! このままでは、たとえラオモトを倒せたとしても、彼は永遠に呪わしき怪物と成り果ててしまう。だが力の源たる憎悪を否定すれば、妻子の仇は討てぬのだ! その時、ドラゴン・ドージョーより授かりし奥義とインストラクションがフジキドの脳裏に響き、ゼンめいた悟りをもたらす。……ジゴクより再び甦れ、ニン ジャスレイヤー! いまや一心同体となったフジキドとナラクは、ラオモトに最終決戦を挑む!「ニンジャ、殺すべし!」