「実家のことで話がある」と呼ばれた斑鳩に颯月が突きつけた一枚の写真。そこにはアルケミスト社で撮影されたダークエルフの細胞、「ロストマトリクス」が写っていた。タケルに遅れてきた理由を問われ「私が何をしていたか……教えてやってもいいが、お前に真実を知る覚悟があるか?」とさも重要そうなセリフをはいた斑鳩だったが、その後「私、しばらく学校休むから」と告げて小隊室を出ていってしまう。何かが引っかかるタケル。こっそりと斑鳩の後をつけ始めた一同だが、彼女は「境界線(ボーダー)」と呼ばれる危険地帯のそばで姿を消す。一方、境界線(ボーダー)内にあるアルケミスト社の研究棟では、斑鳩とうり二つの外見を持つ赤い白衣の少女・杉波伊砂が、ある人物と顔を合わせていて……?