対話不能の外宇宙生命体・奇居子(ガウナ)に太陽系を破壊されて千年。脱出した人類の一部は、巨大な宇宙船シドニアで、繁殖しながら宇宙を旅していた。生まれてから地下でひっそりと暮らしていた少年・谷風長道(たにかぜながて)は衛人(モリト)と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、歴史的名機・継衛(ツグモリ)の操縦士となる。長道が初めて異性を意識した少女、星白閑(ほしじろしずか)。初めて友達となった男でも女でもない人間、科戸瀬(しなとせ)イザナ。長道の能力に嫉妬を覚える岐神海苔夫(くなとのりお)。寮を取り仕切るクマ型の寮母、ヒ山ララァ。宇宙船シドニアにおける“日常”の生活−恋、喧嘩、仲間との会話は明日も続くはずだった。再び奇居子(ガウナ)が現れるまでは…。
100年ぶりとなる脅威との遭遇に、人類は、長道は、何を選択するのか?
人類の存亡をかけた戦いが今、始まる−。