大勢の観客が集まったトーナメント会場に、突如大筒木一族のモモシキ、キンシキ、ウラシキが現れる。父ナルトを狙うモモシキに向かって、科学忍具を使い次々と術を放つボルト。だがそれらはすべてモモシキの掌で不気味に開いた輪廻眼に吸収されてしまう。一方、ミツキの不思議な力に目をつけたウラシキはミツキを狙うが、その前に、以前ウラシキの襲撃を受けた我愛羅と、水影・長十郎が立ちはだかる。会場を破壊するほどの攻撃を仕掛けてくる敵から人々を守るため、五影をはじめとする忍者たちが奮闘する中で、ボルトは初めて本気の父の戦いを目にすることになる。