サスケのもとにたどり着いたボルトの目の前で、大筒木一族のウラシキが使う不思議な力によってサスケの姿が消えた。サスケは、風影・我愛羅(かぜかげ・ガアラ)やその養子シンキらとともに、一尾(いちび)の尾獣“守鶴(しゅかく)”が秘める膨大なチャクラを狙うウラシキと戦っている最中だった。そんな中、我愛羅が“封印術(ふういんじゅつ)”でウラシキの動きを止めることに成功。だが術が解けるのは時間の問題と思われた。そこで我愛羅は、シンキに、ボルトとともにナルトがいる木ノ葉隠れの里へ行き、守鶴をかくまってもらうよう命ずる。 衝動的に突っ走るボルトと、合理性を重視する冷静なシンキ。性格がまったく合わないふたりが自分たちに課せられた役目を果たすため旅立つ!