アメリカが保有する原子力潜水艦ユリシーズは、極秘で北大西洋のパトロールに出航した。嵐の接近で海が荒れはじめたとき、潜航中の艦内に遭難事故を知らせる信号が入る。極秘の任務だったために救出をためらう乗組員もいたが、艦長は遭難者の救助命令を出し、保護する。しかし、彼らは潜水艦に搭載された核ミサイルを狙ったテロリストだった。そして作戦に成功したテロリストたちは、アメリカの大都市を狙って核攻撃を仕掛けると脅迫する。政府は事態の収拾のため、この潜水艦を設計した元特殊部隊のジェームズ・カーターにすべてを託す。そして彼は、核の危機からアメリカを守るため、たったひとり潜水艦に侵入する。