ルポライター菊地が入手した極秘CDRの中には、地下鉄で轢かれる玄野と加藤の姿が映っていた。しかし二人は忽然と姿を消し、遺体は発見されなかった。この不可思議な事件に興味を持った菊地は、同様の遺体消失事件や失踪、破壊活動の調査を進める。その中で浮かび上がってくる「黒い球のある部屋」についての噂。その噂をネット上に流している高校生・西を突き止めた菊地は接触を図り、奇妙な黒いスーツをまとった西の信じられない破壊力を目の当たりにする。そして、語られる“ガンツ”という言葉。後戻りできなくなった菊地は、岸本、鈴木の証言を集め、玄野と加藤に近づいていく。そんな菊地に黒服の影が迫る。さらに、謎の男・重田も現れ、事態は混迷を極める。様々な思惑が絡み合う中、玄野と加藤、そして菊地の運命は、GANTZの謎は明らかにされるのか…。