多大な犠牲が出た“第四次忍界大戦”の殉職者たちを偲ぶ慰霊祭が行われることになり、多くの関係者が集まった。そこには、最後まで任務を全うし、残った者に未来を託して散った父たち、奈良シカクと山中いのいちを想うシカマルといのもいた。果たして父は、本当に自分を信じてくれていたのか……? そんな中、かつて、五代目水影(みずかげ)・メイの側近をしていた青(アオ)が木ノ葉隠れの里を訪れる。青は前の大戦の折、シカクたちとともに、破壊された“忍連合軍(しのびれんごうぐん)”の本部にいた者のうちで、ただひとりの生き残りだった。