各地で内戦が勃発する中国・軍閥時代。女性軍医のジン・ランとマー・シャオヤン率いる軍閥を乗せた夜行列車はジン・ランの生まれ故郷である永安村のそばを通りかかった。大自然に恵まれているこの村も今や軍閥の手による開発が進み、森林伐採が行われている。一行がトンネルに入りかかろうとしたその時、列車が立ち往生し、幾千の毒蛇の大群が襲いかかってきた。乗客たちの断末魔が響き渡る中、さらに双頭の大蛇が姿を現した。列車に乗り合わせていたスネークハンターのムー・ションの先導により生き延びたジン・ランとマー・シャオヤン、そして数名の乗客達は永安村へと向かう。しかし、村はすでに毒蛇の襲来により壊滅状態となっていた。ムー・ションは、彼の父が生前残した「蛇王録」を頼りに蛇の毒を調べ、解毒できるのは唯一、蛇王谷に咲く蛇腥花である事を突きとめる。蛇王谷に向けて出発する一行であったが、その行く手に待ち受けるのは無数の毒蛇の群れと、その背後に君臨する蛇王<キング・オブ・スネーク>の姿であった。