明日なき惑星…その名は、地球。最後の希望…その艦は、ヤマト。人類最後の希望を乗せて…宇宙戦艦ヤマト、発進!外宇宙に突如現れた正体不明の敵・ガミラスが、地球への侵攻を開始した。世界各国は全戦力を結集して防衛にあたったが、全軍、壊滅。ガミラスによって投下された無数の遊星爆弾で、人類の大半は死滅してしまった。それから5年後、2199年。地球は、遊星爆弾の放射能で汚染され、いまや滅亡の時を迎えようとしていた。わずかに生き残った人々は地下へ逃れ、絶望の中で暮らしている。その中には、かつて地球軍のエース・パイロットとして戦った古代進の姿もあった。古代は、ガミラスの攻撃で家族を失った哀しみから立ち直ることができず、軍を退いていたのである。 そんなある日、地球に未確認物体が落下してきた。