人間による自然破壊等の影響で地球温暖化が加速、世界中で砂漠化が進行していたが、人類は、地球上に自然を復活させようと研究を進め、植物の成長促進剤の開発に成功。しかし、突然変異が起こり、植物が知能を持ち、驚異的なスピードで増殖、世界中の都市を飲み込み、ついには、人間に襲い掛かってきた。瞬く間に文明は滅び、地球滅亡へのカウントダウンが始まった。世界中で局地的に突如現れる“グリーン・ストーム”と呼ばれる襲撃災害を食い止めるには、地球の核にまで根付いた植物群のコア機能を麻痺させるしか人類に残された道はない。連合軍による特殊任務チームが世界中に派遣され、人類存亡をかけた最終プロジェクトが動き出す―。