それは、突然の来襲であった。上空に現れた未知なる巨大生命体から放たれた無数の侵略者≪エイリアン≫が人類に襲いかかってきた。地上は瞬く間に侵略者によって破壊され、人間は地下での生活を余儀なくされてしまう。それから20年、侵略者に支配されてしまった地上を取り戻そうと、人類は連合政権を発足、究極の電磁兵器を完成させ、世界中の地下都市に配備、決死戦を控えていた。しかし、人類の狙いを察知した巨大生命体は、莫大な数のエイリアンを放ち、今度は地下都市への侵入を開始する。前線にいた黒隼隊は“空飛び”の勇者達を味方につけ、人類の運命を背負い巨大生命体との最終決戦に挑む―。