“池田屋事件”の夜、鎌切大作(前田拳太郎)を守るため、父の仇・庄内玄悟(上野凱)を斬った深草丘十郎(奥智哉)。初めて人間を斬った感触がまとわりつき、屯所に戻っても手の震えが止まらずにいた。ついに“仇同士”になってしまった2人は、後戻りのできない壮絶な運命にもがき苦しむことに…。
討幕派の計略を未然に防いだ功績により、新選組は会津藩主・松平容保(味方良介)から報奨金を賜ることとなった。しかし、その一方で容保は、現在の新選組は世間から見れば単なる“人斬り集団”にすぎないと指摘。上を目指すならば新選組に足らない要素を取り入れるべきと局長・近藤勇(高野洸)に言い渡す。新選組が取りこむべき“変化”とは、いったい…!?
そんな中、丘十郎は庄内が死に際につぶやいた「裏切者」という言葉を思い出す。そしてその頃、大作の身に危険が迫っていた…!?