局長・近藤勇(高野洸)が呼び寄せた伊東甲子太郎(駒木根葵汰)とその弟・鈴木三樹三郎(松本仁)が、新選組に加入した。甲子太郎は水戸で学問を修め、交渉術にも長けていることから“参謀”として招へいしたのだが、近藤から一切相談のなかった副長・土方歳三(阪本奨悟)は猛反発。兄弟を信用することができず、2人をひそかに探るよう、斎藤一(庄司浩平)に命じる。
そんな中、深草丘十郎(奥智哉)が隊士としての使命に目覚めたことに責任を感じていた鎌切大作(前田拳太郎)は、甲子太郎に頼まれた買い物のついでに“あるもの”を買い、丘十郎に贈ろうとするが、拒否されてしまう。
その矢先、隊士たちは甲子太郎の発案で一斉に試験を受けさせられることに。甲子太郎は結果によって組の割り振りを再編するというが…。