雲仙との戦いに辛勝しためだかは、向かった病院でそのまま入院することになり…。

世界各地で多発している少女誘拐事件の捜査が進むなか、不二子だけはあることに気づいていた。

校舎を破壊しながら続くめだかと雲仙の戦い。その戦いを見守ることしかできない善吉たちは…。

貴重なお宝が次々に盗まれる事件が発生。そんななか、峰不二子を名乗る犯行予告が届き…。

雲仙風紀委員長の前に立ちはだかる、「乱神モード」のめだかとは…？

「峰不二子を盗んでほしい」と依頼してきた老伯爵の従者が、ルパンのもとに現れる。

雲仙はオーケストラ部への苦情を処理するため、音楽室に赴くめだかと対峙するのだが…。

ルパンと次元は全身に絵が描かれた女を盗み出だそうとするが、そこに不二子が現れて…。

風紀委員会の鬼瀬は、生徒会のメンバーに対して服装の乱れを指摘するのだが…。

次元は、「命日」を言い当てる占い師・シトトが持つ石版を破壊してほしいと依頼される。

競泳部との兼任を条件に、1年11組所属の喜界島もがなは生徒会執行部の会計に就任する。

国連演説へ向かう革命組織のフィラデルに、ジャーナリストとして不二子も同行する。

各部の意地とプライドが絡むなか、生徒会執行部VSトビウオ三人衆の対決の行方は…？

教師の峰不二子先生は、大人の魅力で女生徒のイゾルテを翻弄していった…かにみえたが…!?

生徒会は、部費の増額予算総取りをかけて「部活動対抗水中運動会」を執行する。

ルパンはピラミッドに潜むと云われる「紅羽の笑孔雀」を、不二子にプレゼントする約束をする。

柔道部部長の鍋島猫美から、阿久根高貴と善吉を取り替えっこしよう！ という申し出を受けるめだか。

不二子を逮捕した銭形は、釈放の交換条件としてルパン逮捕に協力させようとする。

連日、格闘技系の部活に体験入部を繰り返す善吉は、「生徒会の部活荒らし」と噂されていた。

剣の道に生き、時に殺しも請け負う侍・石川五ェ門は、国王の暗殺を依頼されていた。