行方不明になった姉のファーを探すため謎の多い進学校・エーカナン高校に入学したトラフィックは、失踪につながる手掛かりを探していた。同級生のアンドリューとハイライトも加わるが、何者かによって襲われ囚われの身となってしまう。なんとか危機を脱したトラフィックは、担任教師のワンパデットから学園の謎を調査するために集められた生徒だけのグループ『ブラックリスト』に誘われる。

『ブラックリスト』には、同級生のアンドリュー、ハイライト、バンタット、ジンベエ、タイトルの姿が。トラフィックは学園内で暗躍する闇の組織『神の手』が姉の失踪に関わっていることを知り、『ブラックリスト』のメンバーとともに周辺人物を調査することに。『神の手』と接触した人物を尾行するなか、アンドリューは自身を差し置いてリーダーに選ばれたトラフィックの作戦に納得のいかない様子だったが…。

ハイライトは、彼女のオレンジに危険が及ばないよう『ブラックリスト』のことを話せずにいた。そんな中、学園内で起きたある事件と『神の手』との関連を調査すべく、被害者のジュートの元を訪れると、彼は建物の屋上から飛び降りようとしていた。ハイライトは彼の自殺を止め犯人捜索を約束するも、精神的に追い詰められたジュートはとんでもない行動に出る。

初恋の相手であるカップケーキと再会するタイトル。しかしカップケーキの兄であるダークは、闇の組織『神の手』から追われていた。愛する人を守るため、タイトルは『ブラックリスト』のメンバーには知らせず、ダークと2人で『神の手』とそのリーダーが集まる場所へと乗り込むのだが…。

ダークに裏切られ大怪我を負ったタイトルは、これ以上仲間に危害が及ばないよう『ブラックリスト』を抜けることに。ジンベエは情報収集のため『神の手』の一味になりすまし、彼らが運営するカジノへの潜入を試みる。しかし、そこには何故かキャロットの姿が…。

バンタットは学校内で流行りだしたあるゲームと『神の手』との関連を調べる中で、校長の姪であるライラと急接近する。一方、他のメンバーは新設された学習サポート集団『アイジーニアス』へ潜入調査をすることに。タイトルは生徒会へ入会し、生徒会長のキャンプから『ブラックリスト』のメンバーを監視するように命じられる。

『神の手』によって薬物を盛られたアンドリュー、ハイライト、ジンベエは病院に運ばれる。さらに、バンタットが何者かによって連れ去られてしまう。そんな中、ハイライトはオレンジがタイトルと親しげに話す姿を目撃。オレンジをめぐって、ハイライトとタイトルは口論になってしまう。

『神の手』のある計画を阻止するため、そしてバンテットを救出するため『ブラックリスト』のメンバーは敵のアジトに潜入する。しかし、『神の手』の一味に何故かタイトルの姿が…。

バイキングとキャンプが『神の手』のメンバーだったことで生徒会は解散となり、校内に平和が訪れたかのように思えた。しかし、ワンパデットはクリン校長が黒幕であると疑っていた。そこで『ブラックリスト』のメンバーに証拠を集めるよう指示するも、その強引なやり方にトラフィックは不信感を募らせていた。

ワンパデットとジンマニーが、クリン校長の手下によって連れ去られてしまう。一方『ブラックリスト』のメンバーは、校長が黒幕だという証拠を集めるため潜入した廃ビルで、衝撃的な現場を目撃してしまう。そしてアンドリューには、『ブラックリスト』のメンバーにも打ち明けられずにいたある秘密が…。

クリン校長が逮捕され、ジンマニー先生が新しい校長となる。事件は解決したかのように思えたが、行方不明だったトラフィックの姉のファーが突如姿を現す。彼女は何者かによって監禁されかなり憔悴していた。そこへ追い打ちをかけるように、食べ物に毒を盛られたファーは病院へ運ばれる。トラフィックは犯人を捜すべく、アンドリューとともに動き出すのだが…。

ファーを殺そうとした犯人を突き止めるべく、『ブラックリスト』のメンバーは手掛かりを探していたが、濡れ衣を着せられ学校から指名手配されてしまう。『ブラックリスト』の代わりに、『チーム・ベジ』が犯人の証拠を集めていた矢先、パッカートとメロンが捕らわれてしまう。トラフィックたちが現場に駆け付けると、そこにいたのは…。

指名手配中の“犯罪のコンシェルジュ”、レッドが突然ＦＢＩ本部に出頭し…。

レッドはその日午前11時に、ある場所で大惨事が起きると予言。

中国で１年半の間にＣＩＡのエージェントが４人殺される。

ＦＢＩは“シチューメイカー”確保のため、ロルカに協力を求めるが…。

レッドはエリザベスたちに犯罪のプロ、“運び屋”を逮捕させようとする。

トムは妻エリザベスに自分はスパイではないと主張するが、特別作戦本部のオフィス“郵便局”へ連れて来られる。

ワシントンＤ.Ｃ.の地下鉄で生化学兵器を使ったテロ事件が発生。被害者たちはウイルスに感染していた。

ロサンゼルス行きの貨物便が、ワシントンＤ.Ｃ.の空港を離陸直後に爆発する。

レッドは、テロから身を守るためという理由で“郵便局”に連れて行かれ拘束されるが…。

レッドは、テロから身を守るためという理由で“郵便局”に連れて行かれ拘束されるが…。

連続殺人犯“善きサマリア人”が新たな犯行に及び、エリザベスは再捜査に加わる。

ギャングの情報屋の夫婦、ピーターとキャサリンがプライベートジェットで墜落死するが…。

レッドはエリザベスに“サイプラス養子縁組事務所”を調べるよう指示。

レッドは親しい大泥棒マデリーンから、“アタルガティスの彫像”を盗むのに協力するよう頼まれる。

12年前に失踪して殺されたと思われていた検事が、急に見つかって保護される。

かつてレスラーが逮捕した日本のヤクザの親分、タニダ。

ありとあらゆるネットワークに侵入できる最新サイバー兵器“スケルトンキー”を盗まれた。

ブルックリンでタクシーが暴走し、女性客と運転手が命を落とす。