時は西暦2149年。地球は環境破壊が進み、人口過多によって人口規制が敷かれていた。

シャノン一家は、時が経つうちにテラノバでの新たな生活にも少しずつ慣れてきた。

テラノバ近郊の野外基地で調査をしていた研究員たちから、突然連絡が途絶えた。

ある晩、敵対するシクサーズのリアという少女がテラノバの警護兵に保護される。

若い兵士フォスターが凶暴な肉食獣ナイコラプトルに襲われて死亡するという事件が起こる。

のどかな休日を過ごすテラノバの人々。そこへある日突然巨大な隕石が空から落ちてくる。

高名な地質学者ホートンが半年間の野外調査を終えてテラノバへと戻ってきた。

テイラーが初めてテラノバへ到着した日を祝う「収穫祭」が近づいていた。

単独でジャングルへ向かったテイラーは、運悪く遭遇したミラに捕らえられてしまう。

スパイの正体をつきとめるため、ジムは医療センター関係者への事情聴取を進める。

ルーカスは、ついにポータルを相互通行にすることに成功し、未来の2149年に帰還する。

敵に捕らわれていたジムは、家族の協力により脱出を試みるが危うく捕まりそうになってしまう。

同時多発テロで妻を失い、無言症の息子ジェイクと暮らすマーティン。

マーティンは、ジェイクの導きでアーニーという老人に会うが、強盗が押し入り、アーニーは怪我を負う。

ジェイクから「3287」の数字とドラゴンの絵を渡されたマーティンは、「3287」の数字を書き込んだノートを持つ男と出会う。

マーティンはジェイクを連れて妻サラの墓参りへ行き、彼女を知るボビーと出会うが彼を見失ってしまう。

マーティンはジェイクにある図形を示され、それが22という数字を表すことがわかる。

アーサーはジェイクが挙げた数列を「アメリアの数列」と呼び、975という数字をジェイクが挙げるはずだと言う。

アーサーは死の直前にジェイクに「1188」と刻印された鍵を手渡していた。

施設の子供たちが訪れた科学館で、ジェイクはパリとライブ中継中のスクリーンに近づく。

マーティンたちはアーサーの死の真相を調べるために研究室を訪ねる途中、エリオットという13歳の少年と出会う。

ジェイクが示した「2545」という数字を追うマーティンは、港湾で働くジョーイと出会う。

マーティンは、アーサーの研究室でアメリアの偽装死を暴く証拠を見つけるが…。

マーティンは、ジェイクを奪還するため施設に乗り込むが、クレアがジェイクを施設から外に出す。

ハンクはウォルターが関係し、そこに実際いたギャングの殺人現場で採取した指紋照合を行っていた。

ハンクの捜査が核心に迫り、ウォルターは策を講じた。

一時は家庭の平安を取戻したかに見えたホワイト一家だが、再び家族は険悪な状況に陥る。

ウォルターとジェシーの新しいドラッグビジネスの方法は無理をせず小売から始めることだった。

ジェシーは盗まれた薬を取り返すため中毒者カップルの家に乗り込む。

町の主要な売人が殺されたり消えたりしたことでジェシーに薬を求める客が増えた。