峨嵋派の紀暁芙（き・ぎょうふ）に幼子の世話を任せた明教の幹部・楊逍（よう・しょう）は、清らかな心を持った暁芙が気に入り、自分に嫁いでこいと求婚。暁芙は言下に拒むが、そこへ明教の教徒・塞克里（さいこくり）が部下を引き連れて現れ、明教が分裂したのは楊逍のせいだと非難して襲いかかる。楊逍はすかさず技を繰り出そうとするが、塞克里が酒に混ぜた毒のせいで突然吐血する。

復讐の鬼と化した謝遜の前に少林寺の空見大師（くうけんだいし）が現れる。そして師匠・成崑（せい・こん）に勝つには屠龍刀の秘密を解くしか方法はないと言って空見が息絶えたと翠山たちに語る謝遜。翠山らは謝遜が屠龍刀に執着する理由をようやく理解した。その後、いつものように翠山が息子の無忌（むき）に稽古をつけていると、川辺に立っていた謝遜がいきなり、北風に乗って中原に帰ろうと言う。

晴れて中原の地を踏んだ翠山ら３人は、まず師匠の張三豊（ちょう・さんぽう）に挨拶することにし、武当派の二番弟子・兪蓮舟（ゆ・れんしゅう）と共に武当山へ向かう。ところがその道中、民を虐げる元兵に遭遇し、翠山と蓮舟がこれを懲らしめていると、元兵の１人がすかさず無忌をさらっていく。男のすご技を見た蓮舟は取り戻すのは無理と判断し、ひとまず武当山へと急ぐ。

少林派、崑崙派、峨嵋派が翠山を吊し上げにしようと待ち受ける中、姿を現した翠山は無忌を三豊に託し、皆に向かって高々と長剣を振りかざす。沈黙を貫いた無忌は武当山に連れてこられるが、玄冥神掌という技を受けて体じゅうに毒が広がる。この技から無忌を救えるのは九陽真経のみ。しかし三豊ですら全てを修得していなかった。

しゅう・しじゃくは無忌を家に連れ帰り、しじゃくの父親・周子旺（しゅう・しおう）は無忌を医者に診せるため神医の知り合いを持つ常遇春（じょう・ぐうしゅん）に会いに行くが、遇春の行方を捜し回る元兵に殺されてしまう。遇春は無忌の病を治すという子旺との約束を守るため蝶谷医仙（ちょうこくいせん）こと胡青牛（こ・せいぎゅう）の元へ無忌を連れていくことにするが、青牛は変わり者で、明教の者以外は見殺しにすると言われていた。

遇春のけがを治すため医書を読みあさっていた無忌は、もはや猶予はないと知り、自ら鍼を打つことに。ところが、鍼は折れ、経穴から血が流れ出す。歳月は流れ、とある街角。野菜売りをして娘を育てていた暁芙は、仲間の暗号を見つけ、ある酒楼にたどり着く。各門派の人士が集まる中、１人の老婆が現れ、各人に致命傷を負わせていく。

毒を飲んで動かない青牛を見た金花婆婆は悔やみながら去っていき、無忌は青牛に代わって病人を治療。しかし無忌自身は依然として発作に苦しめられ、暁芙は娘の楊不悔（よう・ふかい）と共に蝴蝶谷に残ることにする。一方、一度は去った金花婆婆だが、青牛の死を怪しみ侍女の阿離（あり）に無忌を探らせ、無忌が翠山の子と知るや、謝遜の居所を吐けと迫る。

峨嵋派が去ったあと、無忌は暁芙を助けようとするが、暁芙は不悔を父親の元へ送り届けるよう言い残して絶命。無忌は暁芙の遺言を守るため、不悔を連れて不悔の父親・楊逍がいる崑崙山の坐忘峰へと旅立つ。山を越え、砂漠を越え、ようやく坐忘峰へ近づいた頃、何太沖（か・たいちゅう）が地面に陶花雷を埋めているのを目撃。そこへ楊逍がやってくる。

謝遜の名を聞き無忌は胸が高鳴るが、現れたのは姿こそ似ているものの明らかに偽者だった。無忌は思わず紅梅山荘の荘主・朱長齢（しゅ・ちょうれい）に己の出自を明かし、その男が偽者であることを告げる。そして、長齢が謝遜に会いたがっているのを聞き、氷火島へ一緒に行こうと提案するが、ある夜、長齢らの話を立ち聞きした無忌は、信じられない事実を知る。

桃源郷のような所でのんびりと日々を過ごす無忌に、ある日、以前助けた小猿が白猿を連れてきて助けてくれと身ぶりで訴える。見ると白猿の腹に切り裂かれた傷があり、腹の中から４冊の書物が出てくる。その頃、峨嵋派ではしじゃくが連日、夜更けまで鍛錬を重ね、滅絶はしじゃくに目をかけるが、これを知った敏君が激しく嫉妬する。

５年前、重火宮の宮主チョン・イェは天下一になれる武芸“蓮翼”を編み出すが、正気を失い大勢を虐殺した。チョン・イェは自責の念から自害し、重火宮を幼い娘チョン・シュエジーに託す。“蓮翼”の秘伝書は２巻あり、「蓮神九式」は霊剣山荘、「芙蓉心経」は重火宮で保管されていた。

チョン・シュエジーは銀鞭門に矢で狙われたところをシア・チンメイに助けられる。華山派のフォン・チョンが峨眉派と上清派の掌門を招き秘法書の帰属を密かに協議する中、英雄大会が幕を開ける。

リン・フォンズーがシャングアン・トウの情報を聞くため、チョン・シュエジーに会いに来る。チョン・シュエジーはシャングアン・トウに手助けしてもらおうと考え、あちこちを探し回る。街の人々にだまされてばかりのチョン・シュエジーを見かねて、シャングアン・トウは自ら姿を現す。

蓮神九式が消えた夜、銀鞭門のワン・インヤーが角端寺にいたことが判明。チョン・シュエジーはワンの行方を調べるために相州へ向かう。その頃重火宮では、大長老が孫のユーウェン・ムーユエンを宮主にしようとたくらんでいた。

フー・イーヤーはシャングアン・トウとチョン・シュエジーを密室へ連れていき、ワン・イーヤーの遺体を見せる。フー・イーヤーは門派内の内乱を避けるため、ワン・イーヤーの死を伏せ、ひそかに犯人を探していたのだ。客桟へ戻る途中、シャングアン・トウとチョン・シュエジーは絵を売る男の子と出会い、重火宮の弟子にする。

ワン・インヤー殺しの容疑が晴れて解放されたチョン・シュエジーたちは、グーグーの姿がないことに気がつく。グーグーを捜して銀鞭門の支部を訪れると、そこには罠が待ち受けていた。

リウリーとグーグーは、チョン・シュエジーが災難に見舞われたことをシャングアン・トウに告げる。ハイタンは、チョン・シュエジーの件と「蓮神九式」が燃やされた件をユーウェン大長老に報告した。ユーウェン・ムーユエンは、チョン・シュエジーの遺体を回収して悲しみに暮れる。

山で暮らす夫婦はチョン・イェに息子を殺された恨みからチョン・シュエジーを殺そうとするが、シャングアン・トウに阻止される。チョン・シュエジーは２人に謝罪し、重火宮を目指す。ユーウェン・ムーユエンは裏切り者を捜し出し、チョン・シュエジーの仇を討つことを決意する。

シャングアン・トウとチョン・シュエジーの関係を察したチウ・ホンシウは、あいまいな態度をやめるようシャングアン・トウに忠告する。シャングアン・トウはチョン・シュエジーを月上谷へ連れていく。

チョン・シュエジーはあらゆる毒から身を守ることのできる「毒王丹」を飲み、吐血する。崖から落ちた時に内傷を負っていたのだ。イン・ツーの薬で回復したチョン・シュエジーは、シャングアン・トウに気持ちを打ち明ける。

ユーウェン・ムーユエンは月上谷を見つけ、チョン・シュエジーと再会して大喜びする。だが自分に探りを入れるシャングアン・トウに怒りを感じ、２人は一発触発の状態になる。そこへリン・チャンランが現れて、２人に協力を促す。

兵器譜大会当日、ホン・ションは蓮神九式を盗みワン・インヤーを殺したことを告白する。皆が彼の処分について言い争っていると、チョン・シュエジーが現れて芙蓉心経を燃やしてしまう。

ある夜、チョン・シュエジーはユーウェン・ムーユエンに宮主の地位を譲ろうとする。ユーウェン・ムーユエンはその申し出を拒絶し、チョン・シュエジーを支えると誓う。シャングアン・トウは峨眉派に行き、バイ・ユン尼僧に会う。

シャングアン・ジョンが父親を許すよう説得するも、シャングアン・トウは耳を貸さない。チョン・シュエジーは修行場にこもり、１人で生活しながら蓮翼の修練に励むのだった。

チョン・シュエジーはジューシャーとリウリーを伴い、疫病について調査する。その後、安平県に到着した一行は、街の平穏な様子を見て不審に思う。同じ頃、シャングアン・トウも安平県に来ていた。

疫病の蔓延には玄天鴻霊観が関わっている可能性が高いことが判明する。解毒剤を手に入れるため、チョン・シュエジーはシャングアン・トウ、ジョン・タオ、チウ・ホンシウと共に玄天鴻霊観に潜入する。

赤華珠の毒に苦しむ那嵐岳（だらんがく）はその姿をようかくに見られまいと姿を隠し、陸一舟（りくいつしゅう）は復讐を一旦保留にして北荒に戻るべきだと説得する。その時、付き添いがいなくなった紫烟（しえん）の部屋に梅嬰（ばいえい）が忍び込み、命を奪おうとする。窓から逃げ出した紫烟を抱き留めた那嵐岳だったが…。この件で、那嵐岳は無実の罪を着せられてしまう。

龍吟城の弟子たちが梅嬰に掌握されている事実を目の当たりにし、梅嬰を生字堂の堂主の座から引きずり下ろそうと孤軍奮闘するようかく。ある日、梅嬰が紫烟（しえん）の部屋に忍び込んで薬を物色した形跡を発見したようかくは、梅嬰が何かを隠していると直感する。一方、北荒では玄兵符の修練を積む那嵐岳（だらんがく）が第２段階を完成させていた。

梅嬰（ばいえい）が紫烟（しえん）の部屋から薬を盗み出したことが判明し、ようかくは四堂会議で真相を究明することに。梅嬰は自らの体で毒を試していたと弁解するが、毒に侵された傷口を見たようかくは紫烟のかんざしで刺されたものに違いないと確信する。そんな中、那嵐岳（だらんがく）が龍吟城に宣戦布告し、各門派が当主の仇討ちを叫んで龍吟城に向かっているとの知らせが届く。

迫り来る敵たちを迎え撃つべく緊張感が高まる龍吟城。梅嬰（ばいえい）の腹心が行方不明になっていると聞いたようせいほうは玄夜（けんや）に捕縛を命令。ようかくは助っ人として白蘇（はくそ）を呼び寄せる。聴風鎮では滄七（そうしち）が那嵐岳（だらんがく）の招請状を人々に配布。そんな中、ようせいほうはようかくの顔色が悪いことに気づき毒のせいかと心配するが、那嵐岳の子を宿していると知り激怒する。