スヒョンたちが住むビルにヒョンジンが引越してくる。引越し早々、大家の女子高生スルギを遺産目当ての親戚から救い出したヒョンジンは、調査過程でスルギの過去を知り、余計な詮索をするなとスヒョンに釘を刺される。一方、ヒョンジンの父のト会長は殺された3人に19年前に殺したはずのコ・ヒョヌの影を感じて苛立っていた。

ユ・デボン殺害の証拠を怪しむヒョンジンは仕事中に母に呼び出され、亡き娘の代わりにト家に来た日のことを思い出して苦しむ。そんな中、捜査チームはロシアマフィアが絡む国際的な人身売買組織を追うことに。遂に組織のアジトに乗り込んだヒョンジンは、カリモフ二世と対峙し、間一髪のところを覆面をした謎の男に救われる。

ある雨の日、「子ども時代の友達の誕生日を祝いたい」とケーキを持って訪ねてきたヒョンジンとの会話から、スヒョンは幼い頃の記憶をたどる手がかりである紙飛行機との不思議なつながりを感じる。スヒョンの過去にも関わる19年前、成功のため手段を選ばないト会長は、秘密を知り会社を離れた研究員コ・ヒョヌの殺害を企てていたのだった。

19年前に殺害したコ・ヒョヌを、一家心中の逃亡犯に仕立て上げたト会長とチョ院長は、事件にかかわった３人が殺害されたことを把握し、殺したつもりだったコ・ヒョヌの生存を確信する。一方、スヒョンはスルギを襲ったカリモフ二世を追い詰めて始末するが、ショックを受けたスルギは９年前に祖父が殺され、スヒョンに助けられた日のことを思い出していた。

９年前、スルギの祖父とミン記者に続いてパーベルに殺されかけたスルギを、自分が面倒を見ると言い助けていた人物はスヒョンだった。一方、ト会長はソ議員から、ハンソル養護施設から消えた88番の子どもの行方をネタにゆすられ憮然とする。そんななか、ヒョンジンの上司として、検察庁から風変りなユン検事がやってくる。

次の殺しの標的であるソ議員の書斎でハンソル養護施設の児童名簿を発見したスヒョンは、88番の子どもの記録を目にし、フィリップが調べた古い事件記事を頼りに養護施設に向かう。一方、カリモフ二世の死と未解決事件のつながりが見えてきたヒョンジンもまた、ユン検事がくれた資料を見てハンソル養護施設に赴く。

過去にハンソル養護施設にいたことや紙飛行機の少女イ・ヨンウンのことを思い出したスヒョンは、施設跡地の秘密の場所でヒョンジンの姿を見つけ驚く。スヒョンの素性を怪しむヒョンジンもまたスヒョンたちを自宅に招いて反応を見るのだった。ハンソル養護施設隠ぺいに躍起になるト会長はソ議員の手下のパク・テスに関係者を消せと命ずる。

コ・ヒョヌが、スヒョン以外に事件から生き残った保育士とスルギの存在を知った頃、保育士から連絡を受けたスヒョンが道を急ぐも一足遅く保育士はテスにより殺害されてしまう。一方、スヒョンに自分がハンソル養護施設出身であることや、88番の子どもへの思いを明かしたヒョンジンは、情報屋が提供した写真からスルギが唯一の目撃者だと確信する。

9年前のことが知りたいとスルギに詰め寄るヒョンジンを制止したスヒョンは、出掛けたヒョンジンの跡をつけ、パーベルが殺したミン記者と彼女の関係を知る。期日の夜、ソ議員殺害を中止したスヒョンはフィリップにキラーでいることに飽きたと告げる。一方、ヒョヌは自分の依頼が遂行されなかったことに憤りスヒョンへの制裁をジヘに告げる。

ト会長は、ソ議員が第二のハンソル養護施設を探していることを知り、テスに殺害を指示する。スヒョンはある写真を手掛かりに過去のことを思い出し、ヒョンジンたちを守るため「詮索すれば母娘を殺す」という依頼人と戦うことを決める。そんな中、ヒョンジンはモンタージュを見てスヒョンへの疑いを新たにし、動物病院へ向かう。

謎の車に狙われたヒョンジンを間一髪で救い出しだスヒョンは、依頼人は自分のすぐ近くにいると知る。ヒョンジン母娘の無事を交渉材料にされたスヒョンはソ議員殺害を遂行するが、追跡してきたヒョンジンに追い詰められる。警察ではソ議員狙撃事件の合同捜査本部が立ち上がり、過去の未解決連続殺人事件も見据えて究明に乗り出す。

ソ議員の関係者への事情聴取が始まり、ソ議員の部下としてハンソル養護施設の教育係だったパク・テスが現れ、ヒョンジンは過去のトラウマがよみがえり動揺する。そんな中、ト会長は番号で呼ばれた子どもへの執刀を秘密裡に遂行していた。ヒョンジンの母を追ってト家に潜入したスヒョンは、ト会長の部屋で意外な映像を見る。

19年前、ト家の養子になったヨンウンに会うため施設を抜け出したことを思い出したスヒョンは、番号の子どもたちが始末されたことや、自分を無残に捨てたト会長が実の父かもしれないと知り動揺する。過去を明らかにしたいスヒョンは依頼人のジヘに対し、88番のキラーとして「ト会長について話せ」と反対に脅迫する。

ソ議員の捜査を進めるヒョンジンは、ハンソル養護施設から消えた子どもたちの名簿の存在を知る。やがて養護施設そばの山中から子どもの白骨死体が発掘されたという何者かのタレコミから、ト会長と事件との関連性が明らかになるが、捜査令状はあえなく棄却される。ヒョンジンは落胆する仲間を鼓舞し、独自捜査に乗り出すが……。

依頼人のジヘに接触したスヒョンは、5番目のターゲットを殺せばト会長と自らの関係や今も番号の子どもが殺されている理由がわかると告げられる。ト会長への憤りを新たにしたスヒョンは、会長を待ち伏せして揺さぶりをかける。一方、ヒョンジンは養護施設そばで発見した変死体とスヒョンのつながりを疑っていた。

変死体が発見されたことで養護施設に関する調査が動き出し、ヒョンジンはユン検事とともに過去の人工授精のうわさを探ろうとト会長に接触する。88番の子どもの生存を把握し、秘密が明るみになるのを危惧したト会長は、連続殺人事件の首謀者である秘書のジヘをおとりに、仲間をおびき寄せて事態を収拾しようと企む。

スヒョンをかばってナイフで刺されたヒョンジンは、傷の手当もそこそこに現場へ戻り、さらわれたジヘのものと思われるイヤリングを発見する。ヒョンジンが連続殺人事件の有力容疑者をコ・ヒョヌだと睨んでいることを知ったスヒョンは、ヒョヌを問い詰める。一方、ヒョンジンの母はスヒョンが、死んだ娘の白血病のドナーの少年だったと気づく。

ユン検事が入手した2000年のセハンFTバイオの監察記録には衝撃的なことが書かれていた。その情報提供者がコ・ヒョヌであるとわかり、ト会長への容疑が色濃くなる。スヒョンがセハン病院に潜入し５番目のターゲットへの接近を始めるなか、ヒョンジンはト会長の車載カメラに記録されたデータから、見覚えのある車の映像を見つけ驚愕する。

スルギを襲ったパク・テスと戦うスヒョンの姿を見て疑いを強めるヒョンジンに対し、スルギはスヒョンを擁護し、14年前に目撃した事件のことを伝える。スヒョンのことを信じたいヒョンジンだったが、偶然、動物病院の地下の隠し部屋の存在を知る。そこには無数の武器と、思い出の紙飛行機が残されていた。

動物病院の前でジヘの死体が発見される。ジヘの残したUSBに記録されていた証拠からト会長の容疑を確信した合同捜査本部はコ・ヒョヌの右腕の存在を確信する。ユン検事はヒョンジンが何かを隠しているのではと気づく。その頃、スヒョンはセハン病院で人工授精卵を培養している研究室を突き止めていた。

指示された場所にヒョンジンが赴くと、そこには指名手配され行方をくらませたスヒョンに保護された番号の子どもたちがいた。子どもたちを託したスヒョンはヒョンジンの必至の制止に耳を貸すことなく消える。海外逃亡を図ろうとしたチュ院長はコ・ヒョヌにより始末され、逃げ場を失ったト会長は開き直り、逮捕されるが…。

病院から家に戻ったスルギはヒョンジンに対し、スヒョンを見逃してほしいと泣きつく。コ・ヒョヌが逮捕された警察では、臓器密売容疑で逮捕されたト会長の勾留礼状請求がまたもや却下され、ト会長は保釈される。ト会長殺害を最終目的に暴走するスヒョンに、これ以上殺人を犯してほしくないヒョンジンは必至の捜索を続ける。

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