国立科学捜査研究院のボムたちのもとに麻薬の密輸に関わったボディーパッカーの遺体が運び込まれ解剖することになるが、そこへ怪しい組織が乗り込んできて遺体の中から麻薬を探せと脅される。カル部長は何か企んでいるようで、突然セクハラ事件の裁判は自分が担当すると言い出し、捜査を続けてきたソルたちは困惑する。

麻薬を飲み込んでいるはずのボディーパッカーの腹は空っぽだった。誰が麻薬を横取りしたかで、組織の仲間割れが始まり、ボムたちはそれに巻き込まれていく。解剖と検査の結果からボムが導き出した犯人は…。一方、セクハラ事件の事実が判明しないまま被害者のカン・アルムが死亡、ソルは解剖を頼むためボムのもとへ向かう。

ジハンは国税庁にまで捜査範囲を広げ、入社後間もなく退社した女性社員の存在を知り、証言を頼む。麻薬事件から解放されたボムは休む間もなくアルムの解剖に取り掛かる。東部地検の未来のスター検事とおだてられたカル部長検事は、なぜかジハンたちの渡した資料を見ずとも自信がある様子。果たしてアルムは他殺か、それとも自殺か？

別々の場所でほぼ同時に交通事故に遭った新婚夫婦。死亡時刻は数十分差で妻ジュヒのほうが遅かった。14歳年上の夫ホグには莫大な財産があり、妻側の遺族は死亡時刻の遅いほうが財産を相続すると主張する。夫側の遺族は相続を阻止しようと、カル部長検事と水面下で交渉を始める。検察は、国科捜に正確な死亡時刻と死因の鑑定を依頼する。

マ・ドナム課長の命令を無視して解剖をしたボムだが、すぐに死亡時刻を特定できずマ課長に馬鹿にされる。しかしボムは何か考えがあるようで…。ボムに気がある薬毒物科のサリーは、協力すると言ったソルに家を交換しようと提案をする。一方、ソルは妻ジュヒの応急処置をした医師がジュヒの妹から大金を受け取っていた証拠を掴む。

妻側の遺族による妻ジュヒの死亡診断書の操作が判明。騒動に終わりが見えた頃、ボムが地検にやってくる。ボムは、妻ジュヒは事故直前に意識を失っており、それが事故の原因であると主張する。他殺の可能性を提示するボムの鑑定結果に、事故として捜査していた検察は新たに犯人探しを始める。マ課長はボムに手柄を取られまいと躍起になる。

検察が夫婦宅の防犯カメラを確認すると、不審な動きをする人物が捉えられていた。ボムが事故車の鑑識を行ったところ、ホグの事故車内のエアバッグに何者かの口紅とDNAが付着していた。妻ジュヒ殺害を企てたのは遺産を狙った妻側の遺族なのか、それとも結婚に反対していた夫側なのか？そして幸せそうに見えた夫婦の素顔とは？

シングルマザーの調査官ハン・スヨンの娘ソヒョンがひき逃げされた。しかしソヒョンが運び込まれた病院の担当医チャン・チョルは、事故を目撃したという幼稚園バスの運転手の話を聞き、すぐに犯人を言い当てる。一方、モーテルで女性の焼死体が発見される。不可解な痕跡が多く残された怪しい現場にジハンたちは戸惑う。

モーテルでの焼死体事件が起きて間もなく、その近所で女性の首つり遺体が発見される。遺体はどちらも赤いストッキングを履いており、殺害の手口や背中の傷も酷似しているため、検察は連続殺人事件の可能性もある猟奇事件として捜査を進めることに。国科捜も事件の手がかりを得るために被害者2人の遺体の解剖を始めるが…。

犯人がストッキングを大量に購入したことを突き止めた検察は、次の犯行を阻止しようと焦る。しかし予想通りの時間に、トイレで大量の血液が発見される3番目の事件が発生。遺体の鑑定結果を急ぐ検察だが、今回ばかりは手がかりを見つけられないボム。そして、ソルをあざ笑うかのように新たな犠牲者の足首が発見される。

次々に事件が起こる中、チームから離れ単独で最初の事件の調査を進めていたジハンに職務執行停止処分が下されてしまう。最後の切り札ともいえる遺体の鑑定結果から得られた情報は少なく、ソルは追い詰められる。焦ることなく解剖を続けていたボムは、突然検察の会議に乗り込み、検察の見解は全て間違っていると言い放つ。

ボムの鑑定により、殺害されたのは最初に発見された遺体だけだと判明。ジハンも復帰することができた。世間からの批判を恐れる検察上層部により、ソルは会見を押し付けられる。殺害された遺体から発見された他者の血液が、なんと死んだはずのマンサンのDNAと一致する。解剖からボムが導き出した犯人像とは？

国科捜は過去の鑑定結果を覆し、マンサンが生きていることを公式的に発表する。マンサンは今回の事件とどう関わっているのか？そしてボディーパッカー事件とのつながりは何か？“ドクターK”なる人物は誰なのか？一方、スヨンはチョルから娘ソヒョンの体に虐待の痕跡があったことを告げられ、犯人を捕まえようと奮闘する。

マンサンに懸賞金がかけられ、検察のもとにはマンサンの目撃情報が次々に入ってくる。そんな中、ノ・ハンシン次長検事はカル部長にドクターKと手を切るよう忠告するが…。一方、楽しいはずの誕生日パーティーでソヒョンが何者かに誘拐されてしまう。一刻も早くソヒョンを救うため、東部地検は全力で捜査に乗り出す。

検察は国科捜と共に救出作戦を展開するが、誘拐犯は逃亡中の事故によりソヒョンの居場所を明らかにしないまま意識不明の重体に。身代金授受の過程で誘拐犯から送られてきた写真には、手足を縛られた状態で低温冷蔵庫に閉じ込められ眠っているソヒョンの姿が…。手がかりが少ない中、果たしてソヒョンを無事に救出できるのか？

ソヒョンの居場所を知る誘拐犯が意識を回復することなく死亡。ボムは犯人の遺体を解剖し、ソヒョン発見につながるヒントを探そうとする。解剖の結果、犯人は韓国系中国人であり、真犯人は別にいることが判明。低温冷蔵庫での生存可能時間が残り少なくなり捜査メンバーは焦りが募るが、ボムは冷静に解剖結果から推理を続ける。

検察が探し出した真犯人は、ソヒョンの居場所を把握していなかった。チョルは、誘拐犯の死に際の言葉に何か感づいたようで…。ボムの推理から居場所を特定した検察だが、ソヒョンは既に冷蔵庫から姿を消していた。絶望したスヨンは意識を失ってしまう。ボムは現場に残された痕跡から、ソヒョンを連れ去った人物を明らかにする。

誘拐の疑いはチョルに向けられるが、数時間後、チョルは自らソヒョンを連れて国科捜にやって来た。事件のいきさつを知っているソヒョンは、ショックのあまり誘拐されていた間の記憶を失っていた。淡々と取り調べを受けるチョルに、違和感を感じるソル。スヨン復帰記念パーティーが何故かボムの家で催されることになり…。

マンションの一室で遺体のない殺人現場を発見する検察。殺人事件としてその部屋に住む統合失調症の男ハンスに疑いがかけられる。いつもは動かないノ次長検事が珍しく現場にやって来るが、ボムとの相性が悪いようで…。近所の住人の証言から、キルジャの遺体らしきものが発見される。一方、ハンスは息子を残したまま逃亡を図る。

遺体らしきものの正体は豚足で、遺体発見の宣言をした検察は大恥をかきカル部長は監察に呼び出される。ハンスを見つけた検察は崖まで追い込み説得を試みるが、ハンスは崖から飛び降りてしまう。一方、ボムは細かい検証を続け、キルジャの遺体の場所を突き止める。キルジャの遺体解剖が始まるが、犯人はいったい誰なのか。

検察は妹のもとへ向かったハンスを待ち伏せし、逮捕することに成功する。しかし、統合失調症患者であるハンスの取り調べは思うように進まず、プレッシャーをかけられたカル部長は名誉挽回に勤しむ。息子のドンウは父親の無実を願うが、妹は兄と縁を切りたいと怒りをあらわにする。頼みの綱であったキルジャの解剖結果は…。

カル部長は一刻も早く手柄をあげようと、証拠不十分のままハンスの身元を公表する。ボムはキルジャの診療記録を調べ、１つの手術記録に目を留める。死亡届の手続きをしたキルジャの娘は生活保護費の話に疑問を持ち…。解剖により少しずつ得た情報から、国科捜は予想外の結論を発表する。果たして事件の真相はいったい？

スヨン親子とピクニックに出かけたチョルは、ソヒョンの描いた絵を見て封印していた記憶を思い出してしまう。そんなチョルに仕事を持ってきたカル部長がボムに気をつけろと忠告するが、チョルはボムとの接触を図る。一方、モーテルでの事件を調べていたボムは、防犯カメラに映る犯人に被角血管腫らしきものがあることに気づく。

国税庁の調査官であるヨンスが毒蛇に噛まれ死亡した。しかし、ヨンスと親しくしていたジハンは他殺だと主張し、ボムに解剖を依頼する。星振グループが関わっている可能性があると聞いたボムは、ヨンスの解剖を引き受ける。一方、ソルは星振グループの不正隠しのネタとは知らず、芸能人の性的暴行事件を担当することに。

ヨンスの解剖はボムへの挑戦状とも思えるほどに困難を極めた。ボムがチョルに疑いを持っていると知ったジハンはチョルを訪ねて病院に向かうが…。性的暴行事件も、重要な証拠となる液体エクスタシーを検出できずに捜査は行き詰まる。ジハンはチョルの家宅捜索令状を申請するが、ノ次長検事とカル部長によって妨害される。

ジハンは令状がないままボムらと家宅捜査に踏み込む。生活感のない不気味な部屋には、一連の事件の詳細なスケッチが描かれた手帳と遺伝性疾患の薬があった。チョルとドクターKが同一人物だという事実にスヨンは動揺する。性的暴行事件は証拠があがらない中、ある動画の流出で逆に被害者のジヘが袋叩きにされる展開に。

徐々にドクターKの謎に迫るジハンに対し、カル部長は権力でジハンの行動をねじ伏せようとする。ボムの助言によってサリーは液体エクスタシーの検出に成功したが、何故かジヘがテレビに出演し今までの話は嘘だったと告白する。ヨンスの解剖を止められたボムは、針の先についたヨンスの組織片から真相を解明しようと試みる。

カル部長の命令を無視し一人で筏橋のチョルの生家にやってきたジハン。そんなジハンからボムに電話がかかってくるが…。ジハンが不在の中、カル部長の企みでジハンの懲戒委員会が開かれる。ジハンから東部地検は信じるなと言われたソルは、慎重に捜査を続ける。ボムはサリーに血液検査を依頼するが、その意図は…？

ボムは懲戒委員会に出向き、ヨンスの死はヘビ毒を利用した計画的な他殺だと発表する。免職を免れたジハンはチョルの母親殺しの事件帳簿を手に入れ、カル部長が関わっていると確信する。一方、証拠を掴んだ東部地検はソルの機転のきいた方法で令状を手に入れることができ、アイドル カン・ジュンソの家宅捜査に踏み切るが…。

ジハンが自分の過去を知ったと気づいたカル部長は、チョルの父親の家だと嘘を付き、ある屋敷にチョルとジハンをおびき寄せる。偽の父親を殺そうとするチョルとそれを阻止するジハン。2人はカル部長が雇った暗殺者によって撃たれ、崖から落ちてしまう。一方、ジュンソ宅の水槽の魚から液体エクスタシーが検出される。