ヘラはインジュンから自分と結婚する理由を問い詰められるが、無言でその場から立ち去る。その頃、思いがけずヒョンジュの事件の重要な証拠を手に入れたソニョン。急ぎヘラに連絡するが、そこに車が通りかかり…。ソニョンがヘラのスパイだったことを知ったソンスクは、インジュンとヘラを陥れるため、ある策略を練る。

ソニョンの死にショックを受けるウィゴンは、ヘラに怒りをぶつけて家を出る。一方、チャンスと会って、ヒョンジュの事件を巡るヘラの秘密をすべて知ったスヒョン。インジュンに知らせようとするも、彼は電話に出ようとしない。その頃、ソニョンの死に打ちのめされていたヘラは、ある目的のためにインジュンの自宅を訪れていた…。

ピルスンを殺した犯人のチェ・テジュンを追うソンチョルは、犯人へ繋がる手がかりとなる人物を捜し出す。イルフは近所に住む女子高生のユンギョンが失踪したことを聞かされ、彼女の行方を捜し始める。チョ会長が逮捕され東方派の実質的なボスに成り上がったサンモだったが、実はある人物と手を組んでいた。一方、何者かの差し金でジェムンの先輩であるミン弁護士がテジュンに狙われる。

テジュンを追いかけるうちに顔を揃えた捜査チームの面々は、ジェムンからジンピョンの死を知らされる。しかし、イルフは再びメンバーとして手を組むことを拒む。イルフはユンギョンの行方を、ソンチョルはピルスンの件を、ジェムンは引き続きジンピョンの事件を調べていく中で、各自がおかしな点に気付き始める。そして、特捜３部内に潜むスパイを捜すジェムンは、ある人物に疑いの目を向ける。

ソンチョルがテジュン殺害の容疑者に、また、ジンピョンの車からガンジュの携帯が出てきて、ガンジュはジンピョン殺害の容疑者になってしまう。一方、ユンギョンが運んだ麻薬を売っているボスに会いに行ったイルフだったが、そこに現れたのは予想外の人物で…。ユンギョン失踪とジンピョンの事件が関係していることを知ったジェムンとイルフは、ソンチョル、ガンジュ、ユンギョンを助けに動く。

ソッギを名乗る男の正体を暴くためホテルへ向かったイルフだったが、サンモ一味に取り囲まれてしまう。一方、特捜３部のパク・ジンテ係長を怪しんでいたジェムンは、彼を捕まえようとファン・ミンガプ刑事と共に車を走らせていた。ところが、その道中イルフからの連絡でサンモと繋がっていた人物がファン刑事であることが明らかとなり…。緊迫した車内で繰り広げられる壮絶な攻防戦の行方は。

ついにファン刑事を捕まえたジェムンは、責任を取ると約束したパン検事正に解決を求めるも彼は意外な行動に出る。一方、指名手配犯になってしまったジェムンとイルフら。サンモをおとりにしてジェムンを捕まえようと考えるファン刑事だったが、そのことに気付いたジェムンは逆に一発食らわせることを計画する。果たして、ジェムンはソンチョルとガンジュを助け出すことが出来るのか…。

ジェムンらをおびき寄せることに失敗したファン刑事。逆にジェムンたちの作戦に不意打ちを食らうこととなった。ファン刑事はサンモに少しだけ刑務所に入れと言うが、すんなり従うはずはなく…。一方、仁北洞女子中学生殺害事件の容疑者チェ・ミンチョルの弁護を担当しているミン弁護士だが、その件とユンギョンの件は同じくねつ造されたもので、裏では特捜３部が動いているというのだが…。

特捜３部による事件のねつ造を証明するには、仁北洞事件の目撃者の証言が鍵となる。キム弁護士に同行し目撃者に会いに来たイルフだったが、指名手配犯であることが周囲にバレてしまう。一方、ジェムンは一歩間違えれば自らが捕まってしまう緊迫した状況の下、サンモを使いファン刑事率いる特捜３部を潰しにかかろうとする。そこへ病状が思わしくないソンチョルも捨て身である行動に出る。

パン検事正はペ市長に呼び出される。誓元（ソウォン）拘置所の視察の際、ペ市長がチョ会長と面会していたことを事前に知っていたパン検事正は、会長は出所するために市長を利用しているだけだと忠告するがペ市長は聞く耳を持たない。一方、パン検事正を信じ、サンモを連れて検察を訪れたジェムン。記者会見をすることになったパン検事正は、自らが立ち上げた特捜３部の内部不正を公にするのか、それとも…。

追加拘束令状が棄却され、チョ会長は釈放された。その裏にはペ市長の姉の存在あり、釈放させた代わりにペ市長がもう一度当選できるよう仁西洞再開発の件を手伝ってほしいと会長に告げる。突然の再開発の再開により、仁西洞の河川一体にある市場の人たちはデモを行うが東方派の新しいボスであるイルガンにより潰されてしまう。一方、ジェムンはサンモが拘置所で何者かに殺害されたと知らされる。

パン元検事正の退職後久しぶりに集まったジェムンらは、チョ会長を捕まえるため一丸となる。仁西洞再開発事業の不正が暴かれ、次の選挙で市長になるのが危うくなったペ市長。ペ市長の姉はアメリカにいる娘のセギョンを呼び、何かを企むのだが…。一方、チョ会長が再開発の件から手を引くと発表した日の朝、会長の部下だったキム専務が自殺し、遺書には全て自分がやったことだと書かれていた。

キム専務の死に怪しい匂いを嗅ぎつけたジェムンらは、彼を殺害した犯人を捜し始める。キム専務の所持品のレシートから不可解な点を見つけたソンチョルは、長年の刑事の勘を頼りに捜査し、防犯カメラに映る不審な車を特定する。一方、チョ会長に会いに行ったジェムンは、裏にいる大物は誰なのかとチョ会長に尋ねる。専務を殺害した黒幕に近づくにつれ、ソンチョルにも魔の手が忍び寄る。

キム専務の殺害を指示したのはペ市長の姪のセギョンだった。ソンチョルの死を悲しむジェムンたち。ソンチョルを殺したヤクザの跡をつけ、どうにか捕まえるが…。一方、ペ市長らの会話を盗聴していたソンチョルのメモリーカードが意外な場所から発見される。果たして、ジェムンたちはペ市長、チョ会長をはじめとする”悪いやつら”を捕まえ、権力に正義が脅かされる誓元（ソウォン）市の現状を変えることができるのか…。

チェ長老は自分に疑いを抱き始めたソン牧師の気をそらし、村人を扇動するため、ミンチョルをサタンに仕立て上げ、信仰共同体をつかさどる牧師として、ソン牧師を祭り上げていく。そんなチェ長老の企みどおり、村人は徐々に信仰共同体に興味を持ち始める。一方、妻の末期がん宣告に落胆するチルソンのもとに、チェ長老がソン牧師が按手の祈りを捧げたという“命の水”を持ってくるが…。

ビョンリュルの家出に胡散臭さを感じたミンチョルは、1人でチェ長老の正体を調べ始める。しかし村人はミンチョルをむしろ悪者扱いし、村から追い出そうとする。一方、チェ長老から子供を産んだ報酬を受け取ったジンスクは、引き止める義母グムリムを振り払って家を出て行ってしまう。そしてチェ長老は計画の邪魔をするミンチョルを消すため、妹のヨンソンにまで魔の手を伸ばすが…。

チェ長老は兄を憎むヨンソンに、神の導きだとしながら就職先を斡旋し、兄と離れるためにソウルに行ったほうがいいと説得する。社会福祉財団だというその就職先とは一体どこなのか…？一方、ジンスクの家出を止められなかったグムリムはショックで倒れ、その拍子に頭を打って意識不明に陥ってしまう。そしてチェ長老は重体のグムリムを利用し、さらなる悪事を企てていくのだが…。

チェ長老は死の直前の遺言であるように見せかけ、グムリムの全財産を奪い取る。そしてグムリムの死を利用し、信仰共同体とソン牧師を偶像化させ、村人をさらに洗脳していく。一方、ジンスクのあとをつけたミンチョルの子分スダル（ペク・スジャン）は、悪の巣窟であるア・ドゥマンにたどり着くが、そこで偶然、ホステスの格好をさせられ、中へ連れられていくヨンソンを発見する。

クスリを飲まされ、朦朧とした意識のままVIPルームで接客をさせられていたヨンソン。ミンチョルはヨンソンを救うため仲間とア・ドゥマンに乗り込み、そこでホステスとして働いていたジンスクに協力を求める。一方、単独で調査を進めていたシン所長は、“チェ・ヒョンス”という教授はチェ長老とは別人で、チェ長老がタチの悪い詐欺師であることも分かってくるが…。

ジンスクの協力を得て、ア・ドゥマンでヨンソンの救出作戦を展開させたミンチョル。しかし最後にヨンソンを救い出したのはソン牧師だった。ミンチョルはソン牧師をグルだと誤解して殴りかかるが、止めに入ったヨンソンによって頭を強打され失神する。そんな混乱の最中、ア・ドゥマンでミンチョルの子分が持ち帰った正体不明の液体は、液体エクスタシーと覚せい剤だった。

チェ長老が指名手配犯のチェ・ギョンソクと知ったソン牧師。正体がバレることを予想していたチェ長老は、ソン牧師の過去を持ち出し、自分の詐欺に最後まで付き合うよう脅迫する。一方、ひん死状態だったミソンが、命の水を飲んで元気になるのを見た村人たちは、国からもらった補償金をチェ長老に託し始める。ミンチョルはチェ長老の悪事を阻止しようと、所長に協力を求めるが…。

神の恩恵で末期がんが治ったと信じているチルソン夫妻は、全財産をチェ長老に託し、信仰共同体へ入ることを誓う。そんなある日、ソン牧師は自分が過去に関係を持っていた女子高生の父親が村にいることを知り、激しく動揺する。それはチェ長老がソン牧師を脅すために連れて来た男だった。しかし数日後、その男はウォルチュ里のモーテルで何者かに殺され、遺体で発見されるのだが…。

ア・ドゥマンでの記憶がよみがえり始めたヨンソン。かすかな記憶をたどりながら、自分を救い出したのはミンチョルではなく、ソン牧師だと思い込む。一方、自分の弱みを握るジソンの父親を殺したソン牧師は、信仰共同体の建設だけは真実だと信じ込み、そこの牧師になることにわずかな望みを託す。そんなある日、元気になったはずのチルソンの妻が突然、息を引き取ってしまうが…。

信仰共同体が存在しないことに気付いたソン牧師は、タガが外れたようにヨンソンに執着し始め、愛は歪んだ形へと姿を変えていく。そしてソン牧師はチェ長老が祭壇の下に隠していた村人たちの補償金を車に積み、神の代わりに成敗するとしながら、殺人鬼のごとく変貌していく。一方、チェ長老が詐欺師であるという事実を知ったシン所長は、確かな証拠をつかむため調査を始めるが…。

ミンチョルは村人たちの補償金を取り戻すため、殺人鬼と化したソン牧師とチェ長老がいる教会へ1人で乗り込んでいく。チェ長老とミンチョルの最後の対決が始まり、2人が満身創痍になると、ソン牧師はカバンの中から村人の補償金を取り出し、札束に火をつけ始めるが…。ちょうどその頃、確かな証拠を確保した所長は、ミンチョルを助けるため、警察を動員して教会へ向かう。

奇跡的に生還したビョンリュルはウォルチュ里に戻り、全てはチェ長老による詐欺であり、チェ長老もソン牧師も死んだと村人に伝える。しかし村人たちは全財産を失い、真実を突きつけられてもなお、ソン牧師を信じようとしていた。そして村人たちはばらばらに村を出ていき、ウォルチュ里はダムの底へと沈んでいく。そして3年後、フナの死により村人たちは再び集まるが…。

イ・バンウォンに２本の矢を命中させたフィは、テリョンに斬られて失神。その場に駆けつけたソノもフィと共に監禁される。暗殺計画の成功を知ったナム・ジョンは息も絶え絶えのバンウォンの元を訪れ、野望を語る。ナム・ジョンに自決を迫られたフィは、ヨンを守るべく自らの体に剣を突き立てるが…。一方、ソノはナム・ジョンがヨンを殺そうとしていることを知り、彼女を連れて家を出る。ヒジェはソ・ソルに代わって梨花楼の行首となることを決意して…。

ソノとヨンはナム・ジョンの手下に襲撃されるが、チドやチョン・ボムに救われる。ソノはフィが無事だという知らせを聞いて安堵し、チドたちにヨンを託す。一方、王宮ではバンソクの世子冊封式が行われる。血まみれの服で現れたバンウォンは、かつてイ・ソンゲを殺そうとしたナム・ジョンが自分の暗殺をも計画したと暴露。密書とフィの証言によってナム・ジョンは捕らえられる。フィは仲間の元に戻り、ヨンやヒジェと再会を果たして平穏な時間を過ごすが…。

ナム・ジョンが差し向けた刺客によって命を絶たれたヨン。フィはすぐさまナム・ジョンの元に押しかけるが、刀に仕込まれていた毒が全身に回り、復讐を果たす前に倒れてしまう。イ・バンウォンはすんでのところでフィを救出し、必ず生かせとチドに告げる。やがて意識を取り戻したフィは仲間たちと共にヨンを荼毘に付すが、罪悪感に苦しむソノは彼らを遠くから見守ることしかできなかった。一方、カン氏は世子を守るため、バンウォンに許しを請うが…。

ヨンの死から６年後の1398年。イ・バンウォンが勢力を増す中、ナム・ジョンはイ・ソンゲを譲位させて臣下主導の国を作るという野望を抱き、根回しに奔走していた。ところが、賄賂の金瓶が何者かに奪われる事件が相次ぎ、ソノは犯人を突き止めて斬ると父に宣言。そんなある夜、再び賄賂の受け渡し現場が襲われ、ソノは暗やみの中でフィと剣を交えるが、顔を確認する前に取り逃してしまう。一方、梨花楼の行首となったヒジェは街でフィを見かけるが…。