京都府警サイバー総合事犯係の刑事・多和田昭平（間宮祥太朗）は、捜査二課の刑事とともにフィッシング詐欺グループのアジトである廃工場に突入しようとしていた。そのアジトはサイバー総合事犯係の主任・安洛一誠（佐々木蔵之介）が解析の結果、割り出した場所だった。

京都府警サイバー総合事犯係に、会社社長・土屋謙信（ぼんちおさむ）が乗り込んできた。土屋は、京都で一番の人気芸妓と2ショットで撮影したニヤケ顔の自撮り写真が、なぜかSNS上に出回っていると大騒ぎ。拡散した人物を見つけて逮捕してくれと訴える。明らかに同意の上で撮った写真であり、犯罪として成立しない可能性が高いにもかかわらず、主任・安洛一誠（佐々木蔵之介）は古宮山絆（福原遥）と多和田昭平（間宮祥太朗）に事件を調べるよう命じる。

京都府警サイバー総合事犯係に、失踪人捜索の依頼が入る。多和田昭平（間宮祥太朗）の親友で建設会社の御曹司・松永大輔（木村了）の新妻・知里（徳永えり）がこつ然と姿を消したのだ。結婚してわずか1週間後のことだった…。本来、人探しはサイバー総合事犯係の仕事ではないにもかかわらず、主任・安洛一誠（佐々木蔵之介）はなぜか、古宮山絆（福原遥）と多和田に捜査を命じる。

変わり者の主任・安洛一誠（佐々木蔵之介）が所属する京都府警サイバー総合事犯係は、ひっきりなしにかかってくる電話の対応に追われていた。事の発端は、京都を拠点に活動してきた2人組の匿名音楽ユニット“スノウライト”の“MAY”こと蘭堂明紗（島崎遥香）が前夜のライブ配信で放った発言だった――。

ソーシャルゲーム運営会社の社員・鶴本勝弘（谷口知輝）が、ビル屋上から転落死する事件が起きた。被害者が札束を所持していたのか、遺体のそばには1万円札が100枚近く散らばっていた…。安洛一誠（佐々木蔵之介）ら京都府警サイバー総合事犯係は、落下して壊れた鶴本のスマートフォンを復元。すると死の直前、彼は自社でリリースした人気ゲームの画面を開き、犯人と思われる相手に見せていたことがわかる。

有名漫画家・峯靖久（和田聰宏）の妻・里美（中村彩実）が自宅マンションで首をつって死んでいるのが見つかった。現場は“IoT”が導入された超高級マンションだったため、安洛一誠（佐々木蔵之介）ら京都府警サイバー総合事犯係に出場要請が入り、古宮山絆（福原遥）と多和田昭平（間宮祥太朗）が臨場したのだが、おかしなことに里美のスマートフォンがどこにも見当たらない。

町工場で働く若い男・影森裕介（柾木玲弥）が、自宅アパートで遺体となって見つかった。“古巣”である鑑識の応援のため臨場していた京都府警・サイバー総合事犯係の川瀬七波（堀内敬子）は、部屋の中を見て動揺！　主任の安洛一誠（佐々木蔵之介）に連絡する。――というのも、おかしなことに影森の部屋にはパソコンやスマートフォン、財布や身分証までありとあらゆるものがなかったのだ。

安洛一誠（佐々木蔵之介）ら京都府警・サイバー総合事犯係のもとに、警察庁から警視正・桐子香澄（内山理名）が赴任してきた。香澄はその美貌から、メディアでもよく取り上げられる有名な人物だった。彼女が出向してきた背景には、ここ数カ月、世間を騒然とさせている ディープフェイク動画大量流出事件 があった。最近、政治家や著名人のスキャンダルを巧妙にねつ造した動画が拡散される事案が急増。

京都府警・サイバー総合事犯係主任・安洛一誠（佐々木蔵之介）は、“ディープフェイク動画大量流出事件”の首謀者・永尾享二（波岡一喜）の最期をとらえた動画が拡散されている状況に、りつ然とする…。永尾が“殉教者”となったこの動画によって、人々の内なる悪意が刺激され、ディープフェイクがさらに氾濫することを危惧したのだ。警察庁から出向してきたキャリア・桐子香澄（内山理名）も、事の重大さに絶句。

繁華街のゴミ置き場で男性の刺殺死体が発見された。被害者の風体から、カタギでないと踏んだ警察は、暴力団絡みの事件を視野に捜査を始める。いっぽう、都内マンションの植え込みで、男性の転落死体が発見された。その映像を動画サイトで見つけた青木（浅利陽介）は、映像の中に、5年ほど前、特命係が詐欺で逮捕した平井（風間杜夫）という男が映り込んでいることに気付く。どうやら、刑期を終えた平井は現在、マンションの管理人に収まっているらしい。興味を持った右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、独自の捜査を開始。

オフィスビルの屋上で、中年男性の刺殺遺体が発見された。被害者は、中松誠という広告会社の社員。複数の刺し傷があったことから、捜査一課は怨恨の可能性を視野に捜査を始める。手掛かりは、凶器である刃渡り22センチのハサミと、ハサミの指紋を拭ったとみられる『T』の文字が入ったハンカチ。その現場にひょっこり現れた右京（水谷豊）と亘（反町隆史）は、いつものようにシレっと捜査に加わる。関係者に聞き込むと、中松は出世争いに負け、閑職に追いやられていたことが判明。

鉄道愛好家として、ある路線を訪れた米沢（六角精児）は、線路脇で遺体を発見。連絡を受けた右京（水谷豊）は、亘（反町隆史）と共に臨場する。遺体や凶器が沿線で見つかったことから、そこに何らかのメッセージがあると思われた。捜査から浮かび上がってきたのは、廃線の噂がある『星川鉄道』。米沢によると、廃線を進めたい運営会社と、沿線住民が立ち上げた“復活させる会”の間に軋轢が生じているという。

亘（反町隆史）が飛び出す―――そして、ナイフを手にした女の前に立ち塞がった次の瞬間、胸を突き刺されて…!?　36時間前。警視庁では、AIの活用や事件の防止に関する研修が行われていた。その帰路、街を歩いていた右京（水谷豊）と亘は、踏切前でうつろな目をした女性を見掛ける。気になった2人は、女性を見守ることに。すると、マキ（太田莉菜）というその女性は、『千里一歩（せんり・かずほ）』というペンネームで、手作り詩集の路上販売を始めた。そこに、カタギとは思えない風体の男が近づく。

南アジアのサルウィンで腐敗政府を倒した、アイシャ（サヘル・ローズ）という反政府運動のリーダーが親善目的で来日する。なぜかパーティーに招待された右京（水谷豊）が、興味本位で会場に向かうと、そこにはサルウィンに渡っていた元相棒・亀山薫（寺脇康文）の姿があった。

テロ予告のあった旅客機は無事だったものの、サルウィン反政府運動のリーダー的存在だったアイシャ （サヘル・ローズ）が命を落とし、責任を問われた右京（水谷豊）は、謹慎を申し渡される。いっぽう、捜査一課では、脅迫されていた人間は、薫（寺脇康文）のほか、アイシャの親友ミウ （宮澤エマ）とその弟、外務省幹部の厩谷 （勝村政信）、サルウィンで人道支援を行っているNGOの幹部・尾栗江威子（菊池麻衣子）ら計6人いたという情報を把握。

池袋で輸入雑貨店の店長が殺害され、犯人が逃亡する事件が発生。現場近くで発見された血ぬれのフライトジャケットや目撃者の証言などから、薫（寺脇康文）が容疑者として浮上する。その後、被害者は覚醒剤の売人だったことが判明。さらに、薫は角田（山西惇）に事件絡みの前科者のリストアップを頼んでいて、その中に今回の被害者がいたことも分かる。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、乗り込んだタクシーで血液の付着したマフラーを発見。運転手から直前の乗客の情報を聞き出すと、問題の男が帰宅前、唐突にロープを買っていたことが分かる。不穏な空気を察して追跡すると、男は両親の遺産を食いつぶして暮らす堂島（矢柴俊博）という独身の遊び人と判明。

大学構内に爆発物を仕掛けた男が、警察を挑発する動画を送りつけてきた。男は顔を隠そうとしないどころか、自ら素性を明かすような行動を取ったため、犯人は問題の大学に籍を置く平山翔太（山本涼介）という学生であることが判明する。右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、同大学で先月、女子学生が実験中に死亡する事故があったことを知り、爆弾事件との関連を捜査。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、泥酔して路上で寝込んだ男性から財布を盗んだ中年男（有薗芳記）を逮捕。男は、のらりくらりと素性を隠すが、所持品から思わぬ物が。それは1か月ほど前、河川敷で他殺体となって見つかった、伊藤（阿南健治）という男性の財布だった。捜査を担当していた県警によると、遺体の身元が分からず、捜査が行き詰まっていたという。

ある日、特命係に警視庁職員の健康を管理している保健師・吉崎弘美（桜木梨奈）が乗り込んでくる。面談を先延ばしにしている右京（水谷豊）と、そもそも診断を受けていない薫（寺脇康文）に釘を刺しに来たのだ。そんな折、特命係に、『20年前の連続通り魔事件の犯人が動き出す』と書かれた告発文が届く。20年前といえば、若い女性を狙った強盗事件が7件連続で発生した時期。

伊丹（川原和久）が、夫も子もある女性に横恋慕。大河内（神保悟志）の聴取を受けていた。発端は二日前に起きた殺人事件。投資会社勤務の大久保という男性が自宅で殺害され、『え』『つ』と読める血文字が発見された。容疑者として浮上したのが、篠塚というチンピラ。2年前、ひったくりで逃走中の篠塚を、取り押さえたのが大久保だった。

白いコートの女“丑三つのキョウコ”に出会ったら最後、心臓をえぐり取られて殺される…。という噂がSNSで流布され、動画まで拡散していた。都市伝説に興味津々の右京（水谷豊）に対し、薫（寺脇康文）は否定的。そんな中、フリースクールの入口で、胸を刺された男性の遺体が発見される。殺害されたのは、同校の代表を務める男性。

右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）は、角田（山西惇）に頼まれ、宝石窃盗グループの一斉逮捕に参加。取り逃がした犯人を、しらみ潰しに捕まえる継続捜査にも協力する。そんな中、容疑者の一人が、黒いコートを着た女（橋本マナミ）に追い掛けられ、歩道橋から転落死する事件が発生。その直後、右京と薫は、転落死した男のアパートで黒いコートの女に遭遇するが、事情を聞く前に姿を消してしまう。

全国の美術館で窃盗が相次ぎ、広域重要指定になっていた事件が、窃盗団を一網打尽にしたことで解決された。しかし、解決に貢献したのが“捜査権のない民間の探偵社”ということで、警察上層部は怒り心頭。お灸を据える意味で、『熟年探偵団』を名乗る三人組を、建造物侵入の容疑で逮捕する。執行猶予付判決を受けたのは、大門寺（斉木しげる）、串田（佐藤Ｂ作）、野崎（井上肇）の熟年トリオ。

ある日の昼下がり、右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）が車で住宅街に出ていたところ、突然、小学生くらいの男の子に声を掛けられる。その子供は、父親とみられる南野（駒木根隆介）という男性と一緒で、「財布を落として帰れないので、家まで乗せてほしい」という。要望に応えて、マンションまで送るが、右京は2人の様子に違和感を覚える。同じ頃、都内のアパートで住人が刺殺される事件が発生。

右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに“情熱の画家”牧村遼太郎の展覧会を訪問。ナイフを手にした男が、『椿二輪』という油絵を切り裂き、来場者に怪我を負わせる事件に遭遇する。『椿二輪』は、遼太郎が自身と愛人を二輪の花に例えたといわれる遺作で、完成直後に心中を企てた曰く付きの作品だった。

美和子（鈴木砂羽）が取材先の民家で襲われる事件が発生。さらに、現場からホームヘルパーの男性の遺体が発見される。室内を物色した形跡や手口から、窃盗犯の仕業と思われた。美和子は、その家に住む柳沼勝治（忍成修吾）という元受刑者の妻を取材しようとして事件に巻き込まれたらしい。勝治は15年前、通り魔殺人を犯し、長年服役していたが、間もなく出所となった半年前、脳梗塞で倒れ、寝たきりに。世話は、獄中結婚した聖美（陽月華）という女性が担っていた。美和子の取材テーマは、その妻の心境を掘り下げることだった。

薫（寺脇康文）は、海外渡航前から顔馴染みだったゲイバーのママ・ヒロコ（深沢敦）と再会。ところが、その矢先、公園で男性の遺体を発見する。男性は鬼塚という著名なルポライターで、妻はノエル美智子（大島さと子）というペンネームで少女向け小説を手掛ける人気作家だった。鬼塚の手には、なぜか美智子のデビュー作が握られており、何らかのダイイングメッセージとも思われた。

美和子（鈴木砂羽）が薫（寺脇康文）の態度に腹を立て、夫婦喧嘩が勃発。美和子の一方的な提案で、自然豊かな山荘に泊まり掛けで夫婦カウンセリングを受けることに。その件に興味を持った右京（水谷豊）は、「プロフィールだけ貸してほしい」と小手鞠（森口瑤子）に頼み、夫婦を装って参加する。カウンセラーは、橘志織（銀粉蝶）という女性。

イベント会社経営者の撲殺遺体が、死後3日たって発見された。被害者は、出資金だけ奪うあくどい商売をしていたようで、恨みによる犯行と思われた。現場を訪れた右京（水谷豊）は、一人の少年がその建物にカメラを向けていることに気付く。調べると、数年前から毎日欠かさず同じ建物の写真がSNSにアップされていた。