廃虚のような空き家へ失踪人を探しに来た右京と享。内村刑事部長から、空き家を見に行ったまま3日前からいなくなったという男の捜索を命じられていた。

勝つのは、人類の頭脳か、コンピューターの人工知能か！？注目を集める将棋界の時田名人と将棋ソフトとの将棋電脳戦が実現した！

享が瀕死の状態で病院に運び込まれた。恋人の悦子によると、享は悦子にキノコ鍋を作るため山奥にキノコ狩りに出かけたらしいが、なんらかの事件に巻き込まれたらしい。

何者かに暴行を受け、記憶喪失になってしまった享。やはり「まろく庵」の人間たちが享と関わりがあったことは間違いなさそうだ。

今から57年前の昭和30年（1955年）12月24日のクリスマスイブ。郊外にある早蕨村（さわらびむら）。小規模だが贅を尽くした美しいホテルのロビーに2人の少女が元気に姿を現した。

米沢、伊丹、芹沢、そして角田は、享の計らいで、悦子（真飛聖）のCA仲間ら友人たちと合コンをすることに。

特命係の部屋に陣川がやってきた。が、あいにく右京は留守。応対する享を見て露骨に不機嫌になる陣川だが、享にはなにがなにやら訳がわからない。

右京と享は、中園参事官の指示で私立中学の警備をすることに。同校の裏サイトに「2月14日8時30分、計画を遂行する…」という書き込みがあったからだ。

右京と享が歩いていると、一人の老人が右京に「吉村君ではありませんか？」と声を掛けてきた。岩田というその老人は元教師で、40年前に廃校になった中学の写真部の同窓会に行く途中だった。

アポロン電機陸上部の監督・高木が自宅で血まみれの遺体で発見された。

独身で無職の男性・尾藤の他殺体が発見された。尾藤は財布とは別に「東京明和銀行」の封筒に入った現金100万円を所持。

右京が「花の里」へと向かうと、店の前で自らを「家出少女」と名乗る小学校低学年くらいの女の子と出会う。右京は享を呼び出し少女を自宅まで送ることに。

角田と同期で組対二課・課長の恩地の遺体が自宅から発見された。現場の状況から毒キノコを誤って食べた事故死と思われた。

法務省が管轄する刑務所内で殺人事件が発生！ 受刑者の美倉が刑務官の田代を殺害するという前代未聞の事件だった。

首席監察官の大河内が、峯秋を通じて、右京に亘の様子を問い合わせてきた。

山中の別荘で服毒死とみられる女性の遺体が発見された。証拠品の返却のため、別荘の前を偶然車で通りかかった右京と亘は、さっそく現場検証に立ち会うことに。

ある日、右京は、捜査二課時代の上司で現在は金融コンサルタントをしている片野坂と再会する。

法務省のエリート官僚・藤井の遺体が発見された。死因はコーヒーに混ぜられた青酸化合物。

倉庫ビルの敷地で、転落死したと見られる男性の遺体が発見された。死亡していたのは、山本という気鋭のジャンクアーティストで、腹部には刺された傷が残っていた。

花の里の女将・幸子が、不審者として身柄を拘束されたという連絡を受け、右京と亘は身元引受人として所轄署に出向く。

人気漫画家・箱崎咲良のマネジメントを担当する会社の社長・原田が、刺殺される事件が発生。

組対五課の応援に駆り出された右京と、見学ということで同行した亘は、現場の廃工場で、小さな子供が描いたと思われる母親の似顔絵を見つける。

官房長官・音越栄徳と官房副長官になった片山雛子による新会派結成と総裁選出馬宣言の記者会見場で、爆破事件が発生。

富士の裾野で映画の撮影が行われている最中、主演女優・桜庭かなえの姉でマネージャーをしている恵子の遺体が、別荘で発見された。

監察官の大河内から聴取を受ける右京と亘。捜査一課の経理担当で、特命係に在籍したこともある陣川が、また何らかの事件に巻き込まれたらしい。

1か月前、伊丹が自殺として処理した女性の転落死が、『実は殺人だった』と告白する犯人の手記が新聞にスクープされた。

都内の駐車場で、蘭の栽培を手掛ける会社の経営者・式田芳彦が、遺体で発見された。

マンションの一室で女子大生・色川真子が絞殺される事件が発生。真子は、広域暴力団の組長・伊縫が愛人に産ませた娘で、伊縫は組対五課の角田から情報を引き出そうとするなど、不穏な動きを見せる。

ある夜、道でうずくまる外国人男性を見つけた右京は、彼に請われるまま、小さな個人病院へと担ぎ込む。

右京と亘は、遺留品の返却で帝都大学を訪れる。次世代機器として注目を集めている量子コンピューターの核となる実験に成功した成田知子という物理学者の遺留品だった。