公園で老舗和菓子屋『ふなだや』の副社長・船田修二（長尾卓磨）の遺体が見つかる。彼の遺品の携帯には修二の父・喜一郎（勝部演之）と、妻・杏子（原史奈）から着信があり樋口顕（内藤剛志）は、喜一郎に電話を掛ける。事件当日、修二は亡き兄の元妻・久美子（山田真歩）に会いに行っていたことが判明。『ふなだや』の現社長でもある喜一郎は血筋を重視する人物で、亡き長男の娘をどうしても次期社長にしたく、久美子と養子問題で度々話し合いをしていた。

川岸で高校野球部員・井田友彦（菊池銀河）の遺体が発見される。強行犯係の新庄道彦（金田明夫）をはじめ千住北署はSNS上で遺書をみつけ、自殺と結論づける。樋口（内藤剛志）は、遺体の傷跡や関係者への聞き込みで、野球部内でのトラブルなどから他殺の可能性があると考え、再捜査を開始。しかし、所轄が一度出した結論に口を出すことは警察組織の秩序を乱すとされ、樋口は理事官の石田弘（徳重聡）から謹慎処分を言い渡されてしまう。“警察の秩序”と“真実の解明“…その狭間で葛藤し自分の心の弱さを痛感した樋口は自信を失いかける。

運送会社社長・仁和宏之（テット・ワダ）の刺殺体が見つかり、樋口顕（内藤剛志）が臨場する。宏之の妻の紗子（小野ゆり子）は夫からDVを受けたと訴え、離婚を前提に別居中だった。

「“タイムトラベラー”の遺体が見つかった」――。そんな奇妙な知らせを受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、運転担当刑事・奥野親道（塙宣之）とともにすぐさま臨場する。タイムトラベラーとは、個人投資家の時岡賢（小手伸也）のこと。彼は20年前、誰も目をつけていなかったIT企業の株で巨額の富を築いたことから、業界でそうよばれていたのだ。

トラックドライバー・鵜飼頼道（伊東孝明）の刺殺体が発見されたという知らせが入り、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、運転担当刑事・奥野親道（塙宣之）とともに現場に急行する。鵜飼は数日前の夜、“タイムトラベラー”の異名を誇る投資家・時岡賢（小手伸也）の遺体が荷台に遺棄されていたことに気づかぬまま、殺害現場のゲートブリッジから発見現場となった倉庫街まで運んだ人物だった。奇妙なことに、鵜飼が身に着けていたのは20年前、時岡にインサイダー情報を教えた会社員・蝶野成行が失踪当日に着用していたジャケットだった。

東京・銀座の一角にある車2台ほどの小さなコインパーキングで、揚げたてのコロッケを握った女性の遺体が見つかった。知らせを受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、すぐさま臨場する。コロッケを調べたところ、その温度から揚げたてであることは間違いなかったが、徒歩30分圏内にあるコンビニエンスストアやデパートの総菜コーナーで売っているものとは、色も大きさも微妙に異なっており、どこで購入したのかは謎だった。

バラエティー番組でも活躍する俳人・墨田凌雲（松澤一之）の遺体が川から発見された。警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）らが臨場したところ、橋の上からきちんと揃えた草履と俳句をしたためた短冊が見つかり、飛び込み自殺かと思われた。だが、溺死に見られる生活反応が見当たらず、殺人の可能性が浮上。

大手IT企業『ビッグホール』のチーフプログラマー・太平洋和（小島よしお）が自宅兼仕事場で殺害される事件が起き、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は臨場する。太平は20年前、 奇跡のプログラム といわれるソフトを発表し、一躍、世界的に有名になった人物だった。太平の開発によって、当時、小さなITベンチャーだった『ビッグホール』は株価が急上昇し、大手へと成長。

スーツが全然似合っていない遺体　が見つかった！　警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）が臨場したところ、被害者は若い女性で、なぜかサイズの大きなメンズのスーツを着用していた。何者かに階段から突き落とされて殺害されたようだったが、現場資料班刑事・平井真琴（斉藤由貴）は、被害者が外見と内面にギャップを持ち、自らを表現できずに悩んでいたのではないか・・・と直感する。

の王様 の遺体が見つかった――。そんな奇妙な一報を受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、現場の公園に臨場する。殺されていたのは、広告会社社長・川瀬珠代（秋本奈緒美）。第一発見者でもある秘書・波岡英明（春海四方）によると、珠代は社内で 裸の王様 と陰口をたたかれていたという。

ド派手なクラブファッションに身を包み、LEDライトが点滅するサングラスをかけた男性の刺殺体が発見され、警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は現場に駆けつける。まもなく、身元は不動産会社社長・内川蔵之介（阪田マサノブ）と判明。警ら中に遺体を見つけた交番勤務の巡査・尾山田すずめ（藤野涼子）は途中、現場から逃げるように走り去る地味な女性とすれ違ったと話す。

猫耳カチューシャ を手にした男性の遺体が見つかった。遺体の身元は、商事会社の営業部長・鵜飼博（松田賢二）と判明。臨場した警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）はスーツにたくさんの猫の毛がついていることに気づくが、現場資料班刑事・平井真琴（斉藤由貴）は、被害者はそれほど猫が好きではなさそうだと直感する。

「ー課長、殺しです」。小山田大介管理官（金田明夫）からいつになくシンプルな報告を受けた警視庁捜査ー課長・大岩純ー（内藤剛志）は、胸騒ぎを覚えながらも臨場する。

殺人事件発生の一報を受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、運転担当刑事・奥野親道（塙宣之）とともに事件現場に急行する。渋谷の路地裏で刺殺されていたのは、フードプロデュース会社の社員・押尾貴代（咲妃みゆ）。遺留品のバッグの中からは、なぜかかつて喫茶店によく置かれていた“ルーレット式おみくじ器”が見つかった。

新専従捜査班に新人・坂下路敏（小瀧望）が配属された。東大卒のキャリア組だが、新専従捜査班を、天樹悠（東山紀之）を筆頭としたエリート集団と認め、自ら希望して配属されてきたというのだ。爽やかでフレッシュで、いい子に見える新人の登場を歓迎する面々。教育係は水田環（倉科カナ）が務めることに。そんな中、大学教授が胸を万年筆で刺される殺人事件が発生する。

不動産会社の経営者・征木健也（小久保寿人）が合コンの途中、撲殺死体で発見される。天樹悠（東山紀之）らがさっそく現場に臨場する。被害者の財布からは現金が抜かれ、アクセサリー類も奪われていたことから、物取り目当ての犯行の可能性も示唆する。一方、坂下路敏（小瀧望）は、たまたま現場に居合わせた飛び降り自殺者の身辺を調査することに。

ある夜の公園。暗闇に浮かぶオレンジの光が、上下左右に揺れながら、上昇した後、不意に消える――。翌朝、その公園で磯村正彦（宮澤佑）の刺殺体が発見される。現場を訪れた天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、坂下路敏（小瀧望）、そして青山新（塚本高史）は、街灯がひとつもない場所で争った形跡がないことから、顔見知りの犯行も視野に入れる。

ある撮影所。日本刀片手の俳優・巻乃竜也（八神蓮）とボウガンを持った女優の濱田梨沙（三津谷葉子）が対峙している。やがてシーンは動き、ボウガンが巻乃に向かって発射されるが、なんと、その矢は本物で…。天樹悠（東山紀之）、海老沢芳樹（田辺誠一）、そして青山新（塚本高史）が現場に臨場する。

介護施設・ドクダミ園の入所者である友田重治（田山涼成）が、早朝の森林公園でスポーツジムのインストラクター・梅田翔也（神田穣）の刺殺体を発見する。さらに、現場から30mほど離れた場所で、ドクダミ園の職員に配られているバッヂが見つかる。第一発見者が同施設の入所者ということもあり、捜査1課は新専従捜査班に応援を要請。

新専従捜査班では、坂下路敏（小瀧望）が《政界のプリンス》と称され、人気を博す文部科学大臣の村富耕一郎を引き合いに出し、片桐正敏（吉田鋼太郎）の勤務態度やリーダーとしての資質を非難していた。同じ頃、警視庁・首席監察官室。片桐は正木哲也首席監察官（山田純大）に呼び出されていた。

古い一軒家で母子二人、仲睦まじく暮らす西野晃（柾木玲弥）と清美（中島ひろ子）。ある日、晃の携帯に見知らぬ番号から電話が入る。それは、両親が離婚してから13年間も離れて暮らし、まったく会っていなかった父親・中山信二（池田成志）が亡くなったとの警察からの知らせだった。天樹悠（東山紀之）と野々村拓海（白洲迅）が見守る中、晃は遺体安置所で信二と無言の対面を果たす。

遺族に遺留品を届けるべく、坂下路敏（小瀧望）と野々村拓海（白洲迅）は奥多摩の山を登っていた。この遺留品は、6カ月前に大学時代のサークル仲間たちと朝日を見に行くためにナイトハイクに出かけ、その道中、山道から足を踏み外し後頭部を強打して死亡した小柳早智（森田涼花）の物だった。

広大な屋敷に住む大地主の資産家・篠宮武（陰山 泰）の遺体が、自宅の浴室で発見される。入浴中に、スタンガンを湯舟に投げ込まれたことによる感電死だった。屋敷を調べる天樹悠（東山紀之）ら新専従捜査班メンバーは、防犯カメラのコードが切断されていることなどから、計画的な犯行も視野に入れる。

人気のない路地裏。坂下路敏（小瀧望）が、怪しげな男・小室（鷲尾英彰）に現金を渡している。小室は金を数え、不敵に笑うのだった。一方、新専従捜査班に、交番勤務の巡査部長・山岸正武（鶴見辰吾）が撃たれたという知らせが入る。天樹悠（東山紀之）をはじめ、新専従捜査班メンバーは現場に向かうが、そこには犯人と争い、なぜか交通標識を掴んだまま息絶えている山岸の遺体が。

“元”専従捜査班・野々村拓海（白洲迅）は物足りない日々を送っていた。警視庁の花形部署でエリートが揃う捜査一課七係に異動し、念願の正真正銘、刑事職に就くことができたのだが、 警視庁も大きく変化し、業務の効率化を重視する捜査方針で、事件当日でさえも定時に帰されていた。捜査資料はすべてデータ化され、刑事資料係はその役目を終えたため、それに伴い、片桐の一言で専従捜査班も解散していたのだ。

2件の連続殺人事件を捜査していた拓海（白洲迅）は、窮地に陥っていたところを、天樹（東山紀之）たち元専従捜査班の面々に救われ…元専従捜査班チームが再集結。片桐（吉田鋼太郎）のもと、天樹、拓海をはじめ、海老沢（田辺誠一）、環（倉科カナ）、青山（塚本高史）は新たに発足した刑事部特別捜査係として動き出すことに。

路地裏で男性の刺殺体が見つかった。臨場した警視庁特別捜査係刑事・天樹悠（東山紀之）は、被害者の所持品から宮城県の地方紙の切り抜きを見つける。半年前に白石市内の山中でキャンプしていた大学生2人が新種の毒キノコを食べ、ひとりが死亡したことを報じた記事だった。刺殺体を解剖した堂本俊太郎（北大路欣也）は、記事のことを聞くと……一瞬表情を変える。

夕方、天樹悠（東山紀之）ら専従捜査班のもとに、廃屋で男性の刺殺体が見つかったという知らせが入った。翌日、10年目の挑戦となる昇進試験を受ける予定の海老沢芳樹（田辺誠一）は定時で退庁しようとしていたところだったが、天樹たちとともに急遽、現場に向かう。殺されたのは投資会社社長・友永三郎（金井成大）で、容疑者は宝石店窃盗事件で実刑判決を受けたものの、収監前に逃亡し手配中だった登戸和馬（味方良介）。

休日、片桐正敏（吉田鋼太郎）は、別れた妻・朝山恵美（安藤玉恵）のもとで暮らす高校生の娘・朝山美央（茅島みずき）と、月に一度の“デート”を楽しんでいた。その日は美央のリクエストで映画を観に行く予定だったが、当の美央はアルバイト先のファミリーレストランから出勤要請が来たといってそそくさと帰ってしまい、片桐はうなだれる。落ち込んだのも束の間、美央が携帯電話を忘れていったことに気づいた片桐はあわてて娘のバイト先へ。

不動産業者・尾原喜一郎（春海四方）の遺体が発見された。後頭部に損傷が見られたものの現場に血痕がないうえ、見つけやすい場所に放置されていたことから、天樹悠（東山紀之）は、犯人が別の場所で殺害後、犯行現場を隠す意図でここまで遺体を運んできたものと考える。尾原は仕事のかたわらボランティア活動にも精を出し、周囲から“仏の尾原”とよばれていた。そんな好人物が、誰になぜ殺害されたのか…？