数千万円の宝石を盗み、警察官の拳銃を強奪して逃げている指名手配犯が、3年ぶりに姿を現した。都内の質屋に宝石の換金で現れ、通報されると拳銃を発砲して夕霧岳という山に逃げ込んだという。

逃亡中だった宝石強盗犯・斗ヶ沢の遺体がキャンプ場で発見され、捜査は殺人事件に切り替えられる。また、“神隠しの山”で失踪中の右京の捜索も続けられていた。

警察嫌いの目撃者が捜査を混乱させた先日の事件で（第15話「警察嫌い」）、亘が裁判所の令状執行を阻止する“捜査妨害”を行っていたことが上層部の耳に入り、右京は亘と共に責任を問われる。

人を呪い殺したという女性が、自分を罰してほしいと捜査一課を訪ねてきた。しかし、伊丹たちは取り合わず、女性をそのまま追い返してしまう。

ある日右京は、幸子の紹介で、羽賀という男から人捜しを頼まれる。対象は、シガーバーで偶然出会い、特徴的な香りを放つ自家製シガーを吸っていた“工藤春馬”という男。

ある日、谷中という保険会社の落ちこぼれ営業マンが、医師から余命いくばくもないと告げられる。谷中は突然の宣告に戸惑いながらも、孤独な身の上をかんがみて、「今までしたくても出来なかったことをやろう」と思い立つ。

詐欺師の平井は、地域住民の悩み相談に乗る“青空らくだの会”という団体を装い、美人局で金をせしめていた。その日も、会社員風の男をまんまと陥れ、金を下ろさせるために一緒にコンビニのATMへ。

ある休日、右京が亘（反町隆史）と訪れていた絵画のオークション会場でちょっとした騒ぎが起こる。出品されていた三上史郎という画家の絵画に、三上自身が「こんな駄作に価値はない」とオークションを拒否する騒動を起こしたのだ。

証拠品の返却で所轄署を訪れた亘は、アパートの隣室で殺人事件が起きたかも知れないと訴える女流漫画家の夏音と知り合う。

世田谷西署の管轄内で誘拐事件が発生。行方が分からなくなっていた小学生の男の子2人の内の一人、翔太が遺体で発見された。

2か月前、外務省欧州第一局長の棚橋が、都内の公園で刺殺される事件が発生。事件の背景に国際問題が絡んでいる可能性があることから、警察は慎重に捜査を開始していた。

産廃場で光田という男性の撲殺死体が発見された。光田は組対五課長・角田の中学時代の同級生で、20年前に家族のもとから姿を消して以来、ずっと消息が分からなかったらしい。

右京と亘に、郊外のベッドタウン黒水（くろうず）町の駐在所への臨時異動辞令が下った。黒水は問題がある警察官の左遷先と噂される署だった。

都内の裏通りで会社員の男性が刺殺される事件が発生。犯人の遺留品はなく、捜査が難航する中、有力な目撃者が現れる。しかし、その人物が警察上層部の家族で、中学生の少女ということが分かり、捜査本部にも接触禁止が厳命される。

郊外の廃倉庫で白骨化した遺体が発見され、捜査一課に捜査要請が入るが、骨だけでは調べようがないため、特命係が捜査を押しつけられる。骨の発見現場にやってきた右京と亘は、廃品に紛れた遺留品から米の入った袋と紙片を発見。

時は、今から1年ほど前にさかのぼる…。2016年2月。住宅街の一角で、若い男が頭から血を流して倒れているのが発見される。目撃者の情報から、現場から逃げた車の持ち主が司法浪人の真渕と判明。

今から一年前に右京と亘が遭遇した謎の立てこもり事件。膠着状態に陥る中、右京は尊から犯人の要求している女性・吉井聡美に関する情報を入手する。

胃潰瘍で入院した幸子の見舞いで病院を訪れた右京と亘は、思いがけず病室で伊丹たち捜査一課と出くわす。聞けば、小松崎というヘルパーが刺殺された事件に関して、腕を負傷して入院中の真奈美という盲目の女性に事情を聞きに来たらしい。

計6人の女性を殺害し、顔を切り刻むことに執着した快楽殺人犯・北一幸が、治療中の病院から逃走した。裁判中だった北は、末期がんの治療のためにいったん入院していたのだが、見張りの刑事を殺害して姿を消したという。

“スガチー1888”と名乗る若い男が、数日前に投稿した「ラストワーク」という動画がネットで話題を呼んでいた。動画には、拳銃を持った謎の人物に脅され、恐怖におびえながらステーキを食べる初老の男性が映っており、フィクションかリアルな犯罪動画か物議を醸しているのだ。

サイバーセキュリティ対策本部の特別捜査官である青木が、自身のスキルを悪用し、広報課長・社美彌子の私物のパソコンに侵入。美彌子の娘と思しき少女が映った写真や動画を密かにのぞき見た。

自身の妻を相次いで殺害した連続殺人事件の容疑者である大富豪の平井が、弁護士の慶子を通じて警視庁を告訴した。自分は無実で、右京や亘らの脅迫によって自供を迫られたというのだ。

事故死に見せかけて3人の妻を殺害したとされる平井は、自白が強要されたものだったと、無実を主張し続けていた。法務事務次官の日下部を後ろ盾に、その事件の捜査指揮権を掌握した検察官の田臥は、特命係の右京と亘を捜査から閉め出す。

大手商社の専務・瀬川の家の玄関に灯油がまかれる騒ぎが発生。「エスカレートしないうちに犯人を見つけてほしい」と峯秋から内々に頼まれた亘は、右京と連れ立って瀬川家に向かう。

亘が顔見知りになったコンビニの店員・森山健次郎が殺害された。捜査一課では、2年前に健次郎の証言で逮捕され、最近仮出所した窃盗犯・宍戸が事件現場付近で目撃されているため、逆恨みの犯行ではないかと消息を追っていた。

右京と亘は、警察学校で教官を務める元鑑識の米沢守から連絡を受け、校内で起きた“転落事故”の現場に臨場する。意識不明の重体で病院に運ばれたのは、樋口というベテラン教官で、亘も指導を受けた人物。

早見という元捜査二課の刑事が、警視庁を訴えた裁判に注目が集まっていた。早見の妻・幹子が半年前に歩道橋から転落死した一件について、警察は自殺と断定して捜査を打ち切ったが、早見は殺人の可能性を主張。

派遣社員の中年男性が遺体で発見される事件が発生。付近に落ちていた携帯電話には、犯人と思しき男が映った動画と、“ダークウェブ”と呼ばれるネット内の裏社会にアクセスした痕跡が残されていた。

警視庁公安部に、「中央アジア系テロ組織のメンバーが日本に潜入した」という情報がもたらされ、緊急手配が敷かれる。そんな中、右京と亘は偶然、中央アジアに生息する“ジゴクバチ”という外来生物を発見。

スナック店主の男性が殺害され、捜査一課では強盗殺人として捜査を開始。犯人らしき二人組の男と遭遇したのは、亘がひいきにしているキッチンカーの店主・芽依だったが、証言が不自然にあいまいだったため、伊丹は彼女にも疑いの目を向ける。