元アイドルで映画「戦国女子高生」の主演女優・瞳（中山忍）の付き人・えり（渋谷めぐみ）の遺体が発見された。事故死と断定されたが、瞳と間違えて殺害された可能性もある。葵（福田沙紀）は海堂（原田龍二）の指示でメイドとして瞳を守り、事件の真相を探ることになる。プライドの高い瞳は事務所の人間をコケにし、葵をも奴隷のように扱う。しかし、夫でIT長者の青柳（神保悟志）の前ではかよわい女を演じている。

祇園のお茶屋・花村の舞妓・こま鈴（大石彩未）の遺体が発見された。他殺の可能性があるが、花街をひいきにする政財界の重鎮から捜査への圧力がかかるなど、思うように動くことができない。海堂（原田龍二）は、メイド刑事こと葵（福田沙紀）を舞妓の見習い、仕込みとして花村に潜入させる。お茶屋の伝統をかたくなに守る、厳しい女将・吉乃（相田翔子）は舞妓たちを厳しく指導、おかげで仕込みもすぐに辞めてしまい、だらしない客も断ることから経営もうまく行っていないらしい。

若くして死亡した人気ミステリー小説家・島崎絵里子の娘・香奈子（岩佐真悠子）の前に1年前に死んだはずの兄・圭輔（柏原収史）が現れた。が、香奈子は圭輔を一目見るなり偽者だと非難する。はたして男は本物の圭輔なのか、それとも…？海堂（原田龍二）に命じられ、メイドとして島崎家に潜入した葵（福田沙紀）は自分を圭輔だと言う男と、それをかたくなに拒む香奈子を目の当たりにする。香奈子の言うように男が偽物ではないかと不審を抱いた葵は、男の指紋を採取。

元マル暴刑事の鎌田（芝本正）が殺害された。葵（福田沙紀）は鎌田を敵視していた中与志組の組長宅へと潜入。先代の夫を亡くしてから組長となっていた智子（南野陽子）ら組員に対して捜査を開始する。智子の一人息子・和真（後藤聡）が北海道へ養子に出されることがわかった。が、その引き取り先は敵視しているはずの鎌田の親戚…。実は鎌田は先代組長の恩人で智子は和真のことを鎌田に相談していたらしい。

メイド喫茶に勤めていた加奈（山内明日）が瀕死の状態で発見され、その後息を引き取った。折しもメイド喫茶のメイドたちが相次いで行方不明になる事件が発生。加奈が死の直前、言い残した「リバティゲート」という言葉をもとに、葵（福田沙紀）はインターネットゲームで急成長を遂げた企業「リバティゲート」の伊波社長（相島一之）の自宅兼オフィスにメイドとして潜入する。社長とはいえ伊波は異常な変態オタク、会社の経営は秘書兼取締役の要（宮地真緒）が仕切っていた。

京都に代々続く大道寺家の当主・忠宏（長谷川朝晴）の婚約者だった由香子（坂本真衣）の遺体が大道寺家の庭園の池で発見された。大道寺家のしきたりに従い新たに婚約しものの、次々と起こる不可思議な現象に悩まされている忠宏は、大学の先輩である海堂（原田龍二）に相談する。海堂は葵に結婚式が無事に終わるまでメイドとして大道寺家の手伝いを、と命じるが、一方で呪いの正体をつきとめろと指示する。

京都の高級老舗旅館「梅むら」の板前・門脇（西村龍弥）の遺体が発見された。自殺として処理されたが、海堂（原田龍二）には納得がいかない。そんな海堂の指令で葵（福田沙紀）は「梅むら」にメイドとして潜入する。料理やサービスを競う大会で優勝、“旅館王”の称号を2年連続で手にしてきた「梅むら」だが、腕のいい板前だった門脇の死後、客が減少。女将の鈴子（黒田福美）は、若女将の梢（小沢真珠）にも辛く当たるほど苛立ちを隠せない。

美のカリスマと呼ばれる美容アナリスト・粧子（横山めぐみ）に似た女性が通り魔によって殴打される事件が相次いで発生した。どうやら粧子は何者かに狙われているらしい。海堂（原田龍二）の指令を受けた葵（福田沙紀）はボディガード兼メイドとして粧子のもとへ。粧子の姉でマネージャーの悦子（宮地雅子）には歓迎された葵だったが、当の粧子は「必要ない」と葵の警護を拒否。

海堂（原田龍二）らアジアエコロジー会議の関係者3人に時限爆弾が送り付けられるという事件が発生した。幸い海堂と大隈教授（本田博太郎）のもとに送られた爆弾は不発。海堂は民間人を守ることが最優先と、海堂を心配する葵（福田沙紀）を大隈教授のもとへ潜入させる。微生物をこよなく愛す大隈は、名門女子大出身でクロスボウが趣味のお嬢様、妻・季和子（国生さゆり）を溺愛。

黒澤智也（菊池風磨）は、ベッドルームで突然、森田葵（久間田琳加）に拒絶されたことに思い悩む。気づかないうちに嫌な思いをしてしまったのではと思い巡らす黒澤だったが、葵から「気持ちの問題」という絶望的な言葉を突きつけられ、別れる覚悟をする…！一方、坂元凌（七五三掛龍也）は先輩・市川絢香（山崎紘菜）の恋人の存在が気になりながらも諦めきれず、次のデートの約束を取り付けるが、当日、絢香からキャンセルされてしまう。

廃墟ビルで二人の遺体が発見された。一人はビルの管理を委託されている高齢男性。死因は心不全と思われた。もう一人は、複数の前科がある加納（山口馬木也）という中年男性で、死因は絞殺。警察は仲間割れか口封じの線で捜査を始める。ただ、現場の状況が奇妙で、加納の背中や周囲の床には、なぜか発光するキノコが生えていた。その光景に興味津々の右京（水谷豊）は、薫（寺脇康文）とともに動き始めるが、問題のキノコはネットにも図鑑にも載っていない珍しいものだった。

ある日、西東京総合病院の大部屋に2人の患者、斉藤四織（仙道敦子）と四宮咲良（白本彩奈）が入院してくる。実は同じ部屋には、近所でもクレーマーとして有名なモンスターペイシェント・四谷純子（西尾まり）も入院中。この日も採血に手間取る新米ナース・中村柚子（森田望智）を、激しい口調で一方的に叱責し始めた。

引退を間近に控えていた武藤泰山（遠藤憲一）に再び訪れた総理大臣返り咲きのチャンス。しかし、秘書の冴島優佳（あの）、そして闇バイトに手を染める若者・木下（曽田陵介）と立て続けに入れ替わるという事態に見舞われてしまう！　公安の新田理（山内圭哉）、猫田マモル（山時聡真）の捜査で、一連の出来事はアメリカ政府が黒幕である可能性が浮上！　そんな中、大統領選で再選を果たしたアメリカのバーガー大統領が緊急来日することになる。

「どう考えても、好きなんだ」――黒澤智也（菊池風磨）は、部下の森田葵（久間田琳加）についに自分の思いを伝える。そして、面倒なだけだとこれまで避けてきた社内恋愛をスタートさせた黒澤だが、葵への愛おしさはどんどん増していくばかりだったが…!?そんな黒澤に小津京（齊藤なぎさ）が片思いをしていると思い込んだ大島蛍（佳久創）は、思わぬ行動に出てしまう。一方、市川絢香（山崎紘菜）の恋人の存在を確信し、

右京（水谷豊）は、携帯の電波さえ届かない、山奥のペンションにいた。宿泊客は、小説家の岸（ふせえり）とお付きの編集者など、右京を含めて7人ほど。思い思いに過ごしている様子を見る限り、いずれもくせ者揃いのようだ。いっぽう、オーナーの樫村（福士誠治）は、黙々と仕事をこなす誠実な人物の様子。ただ、その表情にはどこか陰があって…。同じ頃、温泉宿で休暇を満喫中の薫（寺脇康文）は、美和子（鈴木砂羽）に促され、気になる映像を目にしていた。

西東京総合病院で働く看護師・森口福美（野呂佳代）は、マッチングアプリで出会った男性と初デートすることになるも、相手が一向に現れず落胆…。同日、西東京総合病院には虫垂炎の患者・三原裕樹（馬場徹）が搬送されてくる。翌朝に容態が急変するも、消化器外科医・大貫太（マキタスポーツ）が緊急切除手術を行い、無事に回復の兆しを見せる三原。一方、三原の顔をじっくり見た福美は息をのむ。

引退を間近に控えながらも、派閥のドンである二木正一（岸部一徳）からの要請で、再び総理大臣の座に就くことになった武藤泰山（遠藤憲一）。しかしその矢先、またしても入れ替わりが発生！新たに秘書となった冴島優佳（あの）と中身が入れ替わってしまったのだ！　公安の新田理（山内圭哉）、猫田マモル（山時聡真）の調べによると、今回の入れ替わり対象は【全国民】だという――こうして再び未曾有のテロに巻き込まれることになった泰山を次なる入れ替わりが襲い…!?

黒澤智也（菊池風磨）は出張先で体調を崩した部下・森田葵（久間田琳加）の元へ慌てて駆けつけ、思わず「放っておけないんだ」と抱きしめる。黒澤はこの一件以降、自分の気持ちを葵に伝えられていないことが気になっていた。葵から黒澤との出来事を聞いた葵の同期・小津京（齊藤なぎさ）は、あれこれ妄想しながら黒澤をジッと見つめる。すると偶然、大島蛍（佳久創）がそんな京の姿を目撃し、大きな誤解を…！

総理大臣の藤原 （柴俊夫）が、遠隔操作の爆弾で襲撃されるという不測の事態が発生。議員殺害事件から続くこの状況は、1900年代初頭、当時内務卿だった大久保利通と、時の総理大臣・伊藤博文が相次いで暗殺された歴史的大事件に通じるものがあったが、警察は犯人の狙いすら掴めずにいた。いっぽう、臨場した右京（水谷豊）は、現場の痕跡から、テロ実行に闇バイトが使われていた可能性に気づく。

労働基準監督署から西東京総合病院に、時間外労働の是正勧告が届いた。働き方改革に力を入れる新院長・薬師丸卓（山崎育三郎）は外科部長・神保輝之（要潤）に、外科全体の超過勤務が目出つと指摘。実は、トップダウン気質の神保が舵を取る外科では、個々の業務負担を軽減する「チーム主治医制」が機能不全状態だったのだ！

9年前には内閣総理大臣を務めながらも、今では政治家人生の引退を間近に控えている武藤泰山（遠藤憲一）。サウナ議連、お寿司議連、デザート議連…とのんびりした議員生活を送っていた泰山のもとに、民政党最大派閥を率いる二木正一（岸部一徳）から連絡が入る。支持率が史上最低の5％を記録し、後に控える候補者たちも失言、裏金、女性問題と不祥事のオンパレード――結党以来の窮地に立たされた民政党を救うべく、泰山は再び総理大臣の座に就くよう命じられるのだった。

加茂伸之介（寺脇康文）は、十年ぶりに古巣の京都府警捜査一課に舞い戻ってきた。犯人を追い詰めるためには多少のルール違反などは当たり前、始末書をどれだけ書かされようが、それでも刑事のプライドに賭けて必死に事件を追い続ける、それが加茂の信条だった。だが、十年前、ある事件がきっかけで処分され、奥丹波署に左遷されて妻とも離婚、妻に引き取られた一人娘の陽子とも離れ離れに暮らすことに。

元新聞記者で、現在はダブロイド紙のゴシップ記者である黒岩哲也（木下ほうか）が殴殺された。ゴシップ記者だけに怨恨も多いと睨んだ京都府警・捜査一課強行犯六係長の武藤勇作（田辺誠一）は、佐々木雪子（冨田靖子）ら捜査員に黒岩の交友関係を探るよう命令。黒岩と旧知の仲であった加茂伸之介（寺脇康文）は、相変わらず捜査に加えてもらえず、始末書の書き直しを命じられるが、隙をついて刑事部屋を脱走。勝手に捜査を始めてしまう。

ある晩、加茂伸之介（寺脇康文）は昔の刑事仲間で今はタクシー運転手をしている坂口正二郎（前田吟）と久々に酒を酌み交わしていた。加茂にとって坂口は「刑事とは何たるか」を教えてくれた先輩刑事で、ふたりは当時の思い出話に花を咲かせるうちに、１５年前に２人で担当した未解決の強盗殺人事件について話が及ぶ。次の日、とある建設会社に爆破予告が届いた。

ある夜、加茂伸之介（寺脇康文）がひとり居酒屋で飲んでいると、平田章（小宮孝泰）という男が隣に座っていた客とケンカを始める。慌てて仲裁に入る加茂。だが平田は加茂に「釣りはいらない」と財布を投げつけ、その店を去ってしまう。手元に残った財布の中には平田の免許証が…。その住所をたよりにマンションにやってきた加茂は、マンションの入り口で女性の悲鳴を聞き、住んでいるはずの部屋から走り去っていく平田とすれ違う！

とある不動産屋で従業員の槙良平（山田永二）が殴打され、意識不明の重体になった。槙は事務所を荒らしている犯人と鉢合わせになり、あわてて110番通報するものの、電話が通じる前に襲われたと見られる。現場にはピンクゴールドの指輪が。若い女性のものと判別されるが、事務所の従業員にはその指輪の持ち主はいなかった。その夜、酒井十一（林 剛史）と真島航輝（戸次重幸）らは合コンへ。

犯人逮捕の際に怪我を負った佐々木雪子（富田靖子）は肋骨にヒビが入りしばらく入院することに。そこで雪子は、入院患者の石嶺貴子（キムラ緑子）と顔見知りになる。一方、加茂伸之介（寺脇康文）ら捜査一課のメンバーは通信販売会社社長の早乙女光隆（児玉貴志）の遺体が発見された現場に出向いていた。早乙女は背中をひと突きされており、死後一週間ほど経っているようだった。

ある夜、加茂伸之介（寺脇康文）と京都府警・捜査一課長の三原脩太郎（金田明夫）は本田みゆき（佐藤仁美）という女性を交え酒を飲んでいた。みゆきと加茂らは旧知の仲で、２０年前にみゆきの父親を殺人容疑で逮捕して以来の付き合い。翌日に控えたみゆきの結婚式に三原と加茂は招待されたのだ。父ひとり、子ひとりだったみゆきを気遣い、三原がずっと手紙を書き続けていたことに加茂は驚く。

とある墓地で、無縁仏の墓に石を投げている少年を見つけた加茂伸之介（寺脇康文）。その少年は１０年前に加茂が撃ち殺した強盗殺人犯・赤松修（北沢光雄）の息子・赤松進一（桜田通）だった！　自分が撃ち殺した男の息子と対面した加茂はいたたまれない気持ちになり「困ったことがあったら何でも連絡をしてくれ」と無理矢理名刺を渡すが、進一はその場から立ち去ってしまう。

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